社伝（しゃでん）によれば、第5代孝昭天皇（こうしょうてんのう）（前475-前393）の御代（みよ）、神武天皇（じんむてんのう）の御生誕（ごせいたん）の霊跡（れいせき）に創建（そうけん）されたのが創祀（そうし）です。神武天皇（じんむてんのう）の幼名（ようめい）を狭野尊（さののみこと）と奉称（ほうしょう）するのは、狭野（さの）の地名によるものとされています。当社より西方1200mに末社（まっしゃ）の皇子原神社（おうじばるじんじゃ）が鎮座（ちんざ）し、産婆石（うべいし）と称（しょう）される神石（かみいし）が奉齋（ほうさい）されています。神武天皇（じんむてんのう）御生誕（ごせいたん）の際に産湯（うぶゆ）を御取（おと）りになられたと伝承（でんしょう）され、安産（あんざん）をもたらすと信仰（しんこう）されています。それ以外にも狭野神社（さのじんじゃ）から皇子原神社（おうじばるじんじゃ）にかけての一帯には神武天皇（じんむてんのう）の御生誕（ごせいたん）の霊跡（れいせき）とされる地が多く、皇子滝（おうじたき）、皇子川原（おうじかわら）、御池（おいけ）の皇子港（おうじこう）などの地名が残っています。神武天皇（じんむてんのう）は御齢（おんとし）15才を迎える迄、当地で天下広く統治すべく天壌無窮（てんじょうむきゅう）の御心（みこころ）を培（つちか）われ、御東征（ごとうせい）後、橿原（かしはら）の宮居（みやい）にて初代の天皇としてご即位（そくい）なされました。

敏達天皇（びだつてんのう）（572-585）の御代（みよ）より別当寺（べっとうじ）を創立（そうりつ）し、金剛（こんごう）仏作寺（ぶっさじ）神生院（しんしょういん）の勅号（ちょくごう）を賜（たまわ）ります。天暦年間（てんりゃくねんかん）（947-957）には、天台宗（てんだいしゅう）の僧の性空上人（しょうくうしょうにん）が4年間霧島山（きりしまやま）に入峰修行（にゅうほうしゅぎょう）し、高千穂峰（たかちほのみね）の周囲6ヶ所に鎮座（ちんざ）する其々（それぞれ）の神社の傍（かたわ）らに寺院（じいん）（別当寺（べっとうじ））を建立（こんりゅう）。霧島山（きりしまやま）を中心とした霧島六社権現（きりしまろくしゃごんげん）（狭野神社（さのじんじゃ）・霧島東神社（きりしまひがしじんじゃ）・霧島神宮（きりしまじんぐう）・東霧島神社（つまきりしまじんじゃ）・霧島岑神社（きりしまみねじんじゃ）・夷守神社（ひなもりじんじゃ））の一社（いっしゃ）として神仏習合（しんぶつしゅうごう）の霧島修験（きりしましゅげん）の霊場（れいじょう）として開山（かいざん）され、霧島修験道（きりしましゅげんどう）の大寺（だいじ）として信仰（しんこう）されました。

・狭野神社（さのじんじゃ）（狭野権現社（さのごんげんしゃ）・神徳院（しんとくいん））
・霧島岑神社（きりしまみねじんじゃ）（中央権現社（ちゅうおうごんげんしゃ）・瀬多尾寺（せたおじ））
・霧島東神社（きりしまひがしじんじゃ）（東御在所之宮（ひがしございしょのみや）・錫杖院（しゃくじょういん））
・霧島神宮（きりしまじんぐう）（西御在所之宮（にしございしょのみや）・華林院（かりんいん））
・東霧島神社（つまきりしまじんじゃ）（東霧島権現社（つまきりしまごんげんしゃ）・勅詔院（ちょくしょういん））
・夷守神社（ひなもりじんじゃ）（夷守権現社（ひなもりごんげんしゃ）・宝光院（ほうこういん））　※現在は雛森神社（ひなもりじんじゃ）として霧島岑神社（きりしまみねじんじゃ）に合祀（ごうし）。

慶応（けいおう）2年（1866）の廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）により神徳院（しんとくいん）は廃寺（はいじ）となりますが、歴代（れきだい）の住職（じゅうしょく）を中興（ちゅうこう）の祖（そ）と仰ぎ、神徳院（しんとくいん）墓地をの創設（そうせつ）し祀（まつ）っています。

明治6年（1873）には県社（けんしゃ）に列格（れっかく）。明治32年（1899）には宮崎宮（みやざきぐう）（現在の宮崎神宮（みやざきじんぐう））で斎行（さいこう）された神武天皇（じんむてんのう）御降誕（ごこうたん）大祭会（たいさいかい）にて、宮崎宮（みやざきぐう）の改築が狭野杉（さのすぎ）をもってなされることとなり、旧社殿（きゅうしゃでん）は狭野神社（さのじんじゃ）に寄進（きしん）されることとなります。、明治40年（1907）5月31日に本宮（ほんぐう）遷座（せんざ）祭りが斎行（さいこう）されました。その本殿（ほんでん）は流造（ながれづくり）。拝殿（はいでん）は入母屋造（いりもやづくり）で外拝殿（はいでん）は流造（ながれづくり）です。大正4年（1915）6月1日に官幣大社（かんぺいたいしゃ）・宮崎神宮（みやざきじんぐう）の別宮（べつぐう）に指定。昭和27年（1952）7月31日に宮崎神宮（みやざきじんぐう）より分立し、単独の狭野神社（さのじんじゃ）として発足しましたが、宮崎神宮（みやざきじんぐう）別宮（べつぐう）の名称はそのまま残されています。

旧社領地（きゅうしゃりょうち）は東西2000間・南北1000間に迄及ぶとされ、歴代（れきだい）の薩摩藩主（さつまはんしゅ）・島津当家（しまづとうけ）より尊崇（そんすう）篤（あつ）く社殿（しゃでん）の寄進（きしん）等も度々（たびたび）行われてきました。豊臣秀吉（とよとみひでよし）の朝鮮（ちょうせん）の役（えき）では、薩摩藩主（さつまはんしゅ）・島津義弘（しまづよしひろ）出陣に際し、戦勝（せんしょう）祈願（きがん）がなされます。凱旋（がいせん）の後の慶長（けいちょう）5年（1600）には、戦勝（せんしょう）祈願（きがん）報賽（ほうさい）として重臣（じゅうしん）の新納武蔵守忠元（にいろむさしもりただもと）を遣わし、境内（けいだい）全般に300本の杉が植栽（しょくさい）されました。一ノ鳥居（いちのとりい）から続く狭野神社（さのじんじゃ）の参道（さんどう）は国道より1300mに及び、直線（ちょくせん）参道（さんどう）では日本で一番長い参道（さんどう）です。その参道（さんどう）を覆（おお）う社叢（しゃそう）がその時に植栽（しょくさい）された杉で、大正13年（1924）、「狭野（さの）の杉並木（すぎなみき）」として国の天然記念物（てんねんきねんぶつ）に指定されました。

霧島連峰（きりしまれんぽう）の麓（ふもと）に鎮座（ちんざ）することから、幾多（いくた）の火山噴火の災禍（せいか）に見舞われており、遷座（せんざ）を繰り返しています。桓武天皇（かんむてんのう）の延暦（えんりゃく）7年（788）3月の霧島山（きりしまやま）噴火により社殿（しゃでん）を焼亡（しょうぼう）。文暦（ぶんりゃく）元年（1234）12月28日の霧島山（きりしまやま）の噴火では、社殿（しゃでん）等を悉（ことごと）く焼亡（しょうぼう）したため御神体（ごしんたい）を都城市（みやこのじょうし）高崎町（たかざきちょう）の東霧島神社（つまきりしまじんじゃ）に仮殿（かりでん）を設け奉遷（ほうかん）しました。300年ほどその地に鎮座（ちんざ）し、天文（てんぶん）12年（1543）に第15代薩摩藩主（さつまはんしゅ）・島津貴久（しまづたかひさ）により西諸県郡（にしもろかたぐん）高原町（たかはるちょう）西麓（せいろく）の鎮守神社（ちんじゅじんじゃ）に仮宮（かりのみや）を営（いとな）み遷座（せんざ）。後、慶長（けいちょう）15年（1610）に現在の狭野（さの）の旧蹟（きゅうせき）に戻られることとなりました。享保（きょうほう）元年（1716）9月26日の霧島山（きりしまやま）の大爆発で、社殿（しゃでん）は無事でしたが別当寺（べっとうじ）が焼亡（しょうぼう）。享保（きょうほう）3年（1718）1月3日の大噴火で地域一帯の部落（ぶらく）が焼失（しょうしつ）したため、夷守神社（ひなもりじんじゃ）の別当寺（べっとうじ）である宝光院（ほうこういん）に御神輿（おみこし）を守護（しゅご）ってした奉（たまわ）って遷座（せんざ）。享保（きょうほう）5年（1720）、狭野（さの）の地に仮殿（かりでん）・仮寺（かりじ）を造営（ぞうえい）して、翌享保（きょうほう）6年（1721）2月5日に還御（かんぎょ）し奉（たまわ）りました。記憶に新しい処では、平成23年1月26日以降の新燃岳（しんもえだけ）の大噴火を受けて小林市（こばやしし）の霧島岑神社（きりしまみねじんじゃ）に暫（しば）し遷御（せんぎょ）しますが、同年の10月19日に正遷座（せんざ）されました。

社殿（しゃでん）前の両脇（りょうわき）に鎮座（ちんざ）する東門守社（ひがしかどもりしゃ）は武甕槌神（たけみかづちのかみ）、西門守社（にしかどもりしゃ）は経津主神（ふつぬしのかみ）が御祭神（ごさいじん）です。社殿（しゃでん）向かって左手の水神社（すいじんしゃ）は、罔象女神（みつはのめのかみ）、大山祇神（おおやまつみのかみ）、大山昨神（おおやまくいのかみ）、白山媛神（しらやまひめのかみ）を祀（まつ）っています。

例大祭（れいたいさい）は、10月23日。特殊神事（とくしゅしんじ）としては、2月18日の苗代田祭（なわしろたまつり）、5月16日御田植祭（おたうえまつり）、そして12月第1土曜日には国指定重要文化財の狭野神楽（さのかぐら）があり、いずれも古い伝統を有し古風（こふう）豊かなものです。

県重要（けんじゅうよう）無形文化財（むけいぶんかざい）に指定されている苗代田祭（なわしろたまつり）は、春祭（はるまつり）（祈年祭（きねんさい））の後に行われる行事で、別名「ベブがハホ」とも呼ばれています。農業に因（ちな）んだ予祝（よしゅく）祈願（きがん）の田遊（たあそく）びとして発達したもので、「ベブ」は牛、「ハホ」は主婦（妊婦）を指します。社頭（しゃとう）を田んぼに見立てて、木彫りの牛を使って苗代（なわしろ）の整える様子から種蒔（たねま）き等の田作（たづく）りをユーモラスに演じる神事（しんじ）です。神牛（かみうし）は、文政（ぶんせい）7年（1824）7月、社掌（しゃしょう）の古川平右エ門（ふるかわひらうえもん）と増田庄兵衛（ますだしょうべえ）の二人が伝来（でんらい）の木彫りの牛の原形を失わないように彫刻したと伝えられる由緒（ゆいしょ）深いものです。現在は、その初代の神牛（かみうし）をもとに昭和15年（1940）に作られた二代目が伝えられています。

5月16日の御田植祭（おたうえまつり）も農業に基づく神事（しんじ）で、御田植踊（おたうえおどり）（棒踊り）は五穀豊穣（ごこくほうじょう）を願って行われる踊りです。覆面をした30名程の青年が六尺棒と鎌を持って、歌に合わせて勇壮な踊りを奉納（ほうのう）します。

平成22年3月11日に「高原の神舞（たかはるのかんめ）」として国重要（くにじゅうよう）無形文化財（むけいぶんかざい）に指定された狭野神楽（さのかぐら）は、毎年、12月第1土曜日の19時頃から狭野神社（さのじんじゃ）の第二鳥居（だいにとりい）近くの広場を舞庭（まいにわ）として、真剣（しんけん）、を使用した勇壮な舞や面を着用したユーモラスな舞などが翌朝7時頃まで33番が夜を徹（てっ）して舞（ま）い納（おさ）められています。400年ほど前にはすでに行われていたと考えられており、延宝（えんぽう）2年（1674）の古文書（こもんじょ）の中に「神楽（かぐら）三十二番（さんじゅうにばん）」「社家（しゃけ）」などの記述が見られる事から、江戸時代初頭には、すでに神楽（かぐら）を実施できるだけの社家（しゃけ）組織が成立していたと考えられています。また、文政（ぶんせい）6年（1823）作成の番付表（ばんづけひょう）を見ると、39番という大がかりな神楽（かぐら）であった事がわかります。