矢村社（やむらしゃ）、又は矢村大明神（やむらだいみょうじん）と称されていた高森阿蘇神社（たかもりあそじんじゃ）は、主祭神（しゅさいじん）として阿蘇十二神（あそじゅうにしん）の［一宮（いちのみや）］健磐龍命（たけいわたつのみこと）と［二宮（にのみや）］阿蘇都比咩命（あそつひめのみこと）の二柱（ふたはしら）の大神（おおかみ）を木像（大）で祀（まつ）っています。また、相殿神（あいどのがみ）として［三宮（さんのみや）］国龍命（くにたつのみこと）を始めとする阿蘇十二神（あそじゅうにしん）と諸々の大神（おおかみ）の19座を木像と石像（中小）で祀（まつ）っています。元々は、神社後方の宮山（みややま）の中腹に鎮座（ちんざ）し、400年前に現在地に奉遷（ほうせん）されました。

創始（そうし）は、阿蘇（あそ）を開拓したとされる健磐龍命（たけいわたつのみこと）による阿蘇神話（あそしんわ）に遡（さかのぼ）ります。御祭神（ごさいじん）の健磐龍命（たけいわたつのみこと）が、阿蘇国（あそのくに）に降りられ、湖水だった火口湖を乾かし、国土開発して宮居（みやい）を定めんと阿蘇山上（あそさんじょう）に登り、南北に向かって卜矢（ぼくや）を放ちます。その一矢は、総本社（そうほんしゃ）の阿蘇神社（あそじんじゃ）の鎮座地（ちんざち）（阿蘇市（あそし）一（いち）の宮町（みやまち）宮地（みやじ））に落ち、もう一矢は阿蘇山（あそさん）の南の大石に当り、1寸余の鏃（やじり）の跡を残します。その大石が、境内（けいだい）から北東300mに奉斎（ほうさい）されている「御矢石（みやいし）」とされ、一社を建て、神矢（かみや）を納めて矢村社（やむらしゃ）と称したとされています。時を経て、その矢は朽ち果てたことから、新たに神像（しんぞう）を奉安（ほうあん）して、三神（さんじん）を鎮祭（ちんさい）したと伝えられています。

現在の社名は、明治以降のものです。境内（けいだい）には、1500年代初期に植えられた、20本のメアサ杉と6本の南郷檜（なんごうひ）の母樹（ぼじゅ）である御神木（ごしんぼく）がひときわ目を引いて立ち並んでいます。南郷檜（なんごうひ）は、昭和31年（1956）九州大学教授の佐藤敬二（さとうけいじ）、宮島寛（みやじまひろし）により命名され、林業関係者に広く知られています。安政（あんせい）2年（1862）には、細川藩主（ほそかわはんしゅ）の帆船（はんせん）「泰宝丸（たいほうまる）」の帆柱（ほばしら）として当社の南郷檜（なんごうひ）が使われ、比類なき良材として白銀（はくぎん）3枚が奉納（ほうのう）されています。旧宮地（みやち）の宮山（みややま）の中腹には、樹齢400年を超える豊年桜（ほうねんざくら）もあります。豊年桜（ほうねんざくら）は、南郷谷（なんごうだに）では一番早く咲く桜として知られるエドヒガン桜です。花の咲き具合で、農作物の出来を占ったとされています。社殿（しゃでん）向かって左手には天照皇大神宮（てんしょうこうたいじんぐう）が祀（まつ）られています。

例祭（れいさい）は7月30日で、神事（しんじ）のあと、2基の神輿（みこし）を中心に神幸行列（ぎょこうぎょうれつ）が斎行（さいこう）されます。また、8月17-18日に斎行（さいこう）される風鎮祭（ふうちんさい）は、風を鎮（しず）め、五穀豊穣（ごこくほうじょう）を願う神事（しんじ）として300年もの伝統を持っています。