郡浦神社は、阿蘇神社、甲佐神社、健軍神社と共に阿蘇四社の一社です。蒲智比咩命を主祭神として祀り、健磐龍命、速瓶玉命、神武天皇を合わせ祀っています。
創建は不承ですが、御祭神の蒲智比咩命は、正平16年（1361）甲佐神社より郡浦神社に贈った牒、宇土の領主となった名和顕興の不法に対して阿蘇・健軍・藤崎、及び三社に対して合力を求めた牒に、甲佐神社が祀る八井耳玉命は、阿蘇神社の主祭神である健磐龍命の御子神で、健磐龍命の母神である蒲智比咩命は、八井耳玉命の祖母神に当たるとあります。
『阿蘓文書之二』
「阿蘓文書寫・第二十九［甲佐］」
甲佐宮牒 郡浦社衙
（略）我神者阿蘓大明神御嫡子、南部管領之鎮守也。（略）殊尊神者、阿蘓御母甲佐宮祖母神御坐之間。因緣尤不淺之上、往古一躰之神明也。
明和9年（1772）森本一端が著した『肥後国志』によれば、欽明天皇の御代（540-571）神武天皇の神霊を祀って阿蘇神社の祖父神とされたとも、天養元年（1144）近衛天皇の勅宣を蒙り、阿蘇大宮司の阿蘇友孝が健磐龍命、速瓶玉命、神武天皇を勧請したとも伝えています。そのことから三宮大明神とも称せられました。
御祭神については諸説あり、文明17年（1485）に見る記録では、健磐龍命の外祖（母方の祖父）ともあります。また、異説として神功皇后の三韓征伐の時に持ち給った満珠玉、その力を奉った雨宮媛命が当地に祀られ、夷狄を防いでいるともされています。加えて、海龍神である雨宮媛命を娶った国造神社の御祭神である速瓶玉命は、龍宮の皇子であるともされています。また、『宇土郡誌』（大正10年・1921）では、『阿蘇文書』にて肥前国高来郡温泉山の四面名神とも記されています。少なくとも、御祭神は比咩神であることは有力視されています。
その創始は、『日本三代実録』に記された蒲智比咩神社が前身と考えられ、鎌倉時代に阿蘇神社の摂社となったと考えられています。
『日本三代実録』の元慶2年（878）9月7日記録では、大きな鳥が肥後国八代郡にあった倉の上に集まり、宇土郡の蒲智比咩神社では、前の河川の水が血の如く赤くなって流れ出し、周囲の山野草木は枯れ果てて、厳冬のようになったと伝えています。この事が朝廷に報告され、神祇官が卜筮したところ、肥後国の風・水・火害・疾疫は、これから厄災が起きることを神が示したとされました。
『日本三代實錄・卷卅四』元慶二年（878）
九月七日己亥。有鳥、集肥後國八代郡倉上。又宇土郡正六位上蒲智比咩神社前河水変赤如血。縁邊山野草木彫枯。宛如厳冬。神祇官陰陽寮卜筮云。彼國風水火疾疫可成災。故神明示恠。
同年12月11日には、橿日宮（香椎宮）にて大宰少弐の嶋田忠臣等が神託をはかったところ、橿日神（香椎神）が神懸かりし「新羅が日本に入寇せんとしており、厳重に備えよ」と告げます。それを受けて弘道王を伊勢神宮に向かわせて神の加護を祈請。20日には藤原房雄を大宰権少弐と左近衛少将を兼ねさせて夷狄の侵入に備えます。
24日には、平季長を太宰府に向かわせ、橿日宮（香椎宮）、蒲智比咩神社、住吉神社、そして宗像大社などに奉幣を奉ります。加えて、事前に大きな鳥を集合させ、河川の水を赤く染め、神懸かりで危機を知ろしめたことから橿日宮（香椎宮）と蒲智比咩神社には綾羅と金銀の装飾のなされた宝剣の奉納がありました。
『日本三代實錄・卷卅四』元慶二年（878）
十二月十一日壬申。（中略）。是日、大宰少弐從五位下嶋田朝臣忠臣等奏言。橿日宮有託宣云。新羅虜船欲向我國。宜爲之備。因茲、遣從五位上守刑部大輔弘道王向伊勢大神宮、祈請冥助。（後略）
十二月廿日辛巳。以從五位上守民部大輔藤原朝臣房雄、爲太宰權少貳兼左近衞少將。赴太宰府。警戒戎事。
十二月廿四日乙酉。遣兵部少輔從五位下兼行伊勢權介平朝臣季長。向太宰府。奉幣橿日。八幡及姫神。住吉。宗形等大神。其橿日。八幡。姫神別奉綾羅御衣各一襲。金銀装寶劔各一。以彼府奏有託宣云。新羅凶賊、欲窺我隙。肥後國有大鳥集。河水變赤等之恠也。
蒲智比咩神社は現在も確定していませんが、蒲智比咩神社と同様、比咩神を御祭神として祀っていること。久安9年（1150）には郡浦神社が宇土半島西部全域を管轄していたこと。郡浦が有明海の交易の中心地であったこと。それに加えて、廃仏毀釈により廃寺となった神宮寺の常福寺境内にあった石造りの五重塔が、現在、郡浦神社の境内に遷座しています。この五重塔は最頂部の宝珠を逸失しているものの、朝鮮の技法の影響を受けた平安時代初期のものとされています。それらの背景から郡浦神社が蒲智比咩神社だと最有力視されています。
「郡浦神社」の名称が史料として記されているのは、久安6年（1150）正月23日の「肥後国司庁宣写」が最も古いものになります。この「肥後国司庁宣写」は、郡浦社の神官からの訴えで年貢を安定的に確保できるよう社領を不輸領とした記録であることから、神社の起源は少なくとも12世紀前期までには遡ると考えられています。
郡浦神社は阿蘇三摂社（健軍・甲佐・郡浦）の一社とされ、往古は神領350町、神田80町を有し、阿蘇神社の祭礼では、御神供の魚を奉ることとなっていました。阿蘇神社の摂社となったことを記した最古の資料は、嘉元4年（1306）6月12日の「昭慶門院（昭慶門院）御陵目録」にて阿蘇社の摂社との記載で、鎌倉時代に摂社となったと考えられています。天文19年（1550）には阿蘇氏の領域支配が後退により、郡浦・網田は阿蘇惟忠から名和行興に譲渡されます。しかしながら、実質的には阿蘇氏の支配権が残存していたと考えられています。
しかし、天正16年（1588）に領主となった小西行長により社領は灰燼に帰し、神領は没収されました。
江戸期に入ると延宝5年（1677）の棟札によれば、神宮寺に当たる常福寺が管理し、十一面観音を本地としたと記しています。文化5年（1808）常福寺が再興を願い出た「奉願口上ノ覚」では、天正期以降の歴史が詳しく記されています。
「奉願口上ノ覚」によれば、往古より祭祀や式日のときには、惣之婦、若婦という2人の神女によって神楽が奉納されていたものの、ことごとく焼亡して神領も奪掠されたこと。その後、神女の子孫も絶え、神楽も途絶えたこと。寛永16年（1639）惣庄屋の郡浦三郎右衛門が再建し、神事も始まり、神楽も氏子の中から選ばれた神女が三年ごとに奉納するようになったこと。しかし、明和7年（1769）に神楽の諸道具が盗まれ、中断するに至ったこと。そして寛政8年（1796）に社人で神楽を奏しようとしたものの諸事届きかね中断したと記されています。また、安永6年（1777）の台風で石鳥居が吹き倒され、屋根が大破して茅葺になっていること。修覆費は見世物や芝居興行の収益によって賄われていたと記しています。
明治8年（1875）郷社に列格。阿蘇神社との結びつきは薄れることとなっていましたが、明治10年（1877）3月21日に内務省の命にて改めて摂社のひとつに定められました。
境内地は、2182坪（官有地第一種）。社殿は、嘉永2年（1849年）に再建されたものです。社殿は神殿（縦4間横3間）、渡殿（縦2間3尺横1間3尺）、拝殿（縦2間横4間）。
例祭日は旧暦9月9日でしたが、明治43年（1910）より10月9日に改められ、近年は10月9日・10日で斎行されています。
【神風連の変】
明治9年（1876）10月24日、明治政府に対する士族反乱「神風連の変」が起こります。新開大神宮の神官となっていた元士族の太田黒伴雄をはじめとする敬神党の約170名が、廃刀令への反対運動として起こした反乱でした。
敗れた敬神党員6人（加々見重郎、古田十郎、田代儀太郎、田代儀五郎、坂本重孝、森下照義）が同志の郡浦神社宮司の甲斐武雄を頼り、八代に滞在していた三淵永次郎への手紙を託します。甲斐武雄は、八代に向かう途上で捕えられて禁獄百日の判決を受けます。郡浦神社には、敬神党の祖である林桜園が菊池神社・新開大神宮と共に贈った3本の鉄箭の内の1本が奉納されています。
一方、残った6人は29日の早朝に宇城市三角町大岳山頂に登り自刃しました。現在、大岳山頂東端には三角町の有志によって建てられた「神風連六烈士自刃之跡」の碑が建てられています。
【境内社など】
「御神木（イチョウ）」
雌のイチョウの木は乳をもっており、この乳汁を煎じて飲めば、産後の乳の出が良いと知られ、訪れる妊婦さんが多く訪れています。平成2年（1990）2月14日に「ふるさと熊本の樹木」に指定されました。
「常福寺（廃寺）」
常福寺は、明治元年（1868）神仏混交が禁止されて廃寺されましたが、中世から近世にかけて郡浦神社の神宮寺として、所務を行ってきた寺院です。この寺院の成立についての史料は少なく、平安朝初期の建造物らしい石造の五重塔が現在残る唯一の遺物です。この五重塔は最頂部の宝珠を逸失しているものの、奈良国立博物館の前田技師による大正2年（1913）の調査報告によれば、朝鮮の技法の影響を受けた平安時代初期のものとされています。
