岩屋神社（いわやじんじゃ）は、彦山四十九窟（ひこさんしじゅうきゅうくつ）の第三窟（だいさんくつ）・宝珠山（ほうしゅやま）として英彦山（ひこさん）修験道（しゅげんどう）、及び宝満山（ほうまんさん）修験道（しゅげんどう）の最重要な修行（しゅぎょう）の場とされた地でした。

その創始（そうし）は古く、平成17年（2005）岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）解体修理工事にともなう発掘調査では、本殿（ほんでん）のある権現岩（ごんげんいわ）と馬（うま）の首根岩（こうねいわ）との窪（くぼ）みにて祭祀用（さいしよう）ではないものの弥生式土器（やよいしきどき）が出土（しゅつど）しています。また、その調査では8世紀後半（775-800）のものとされる鉄鉢形土師器（てつばちがたはじき）が出土（しゅつど）。鉄鉢形土師器（てつばちがたはじき）は、僧侶（そうりょ）が托鉢（たくはつ）の時に使用する鉄鉢（てつばち）を土器で模したもので、外側が黒く水が漏れないように加工されています。法蓮（ほうれん）が造営（ぞうえい）した彦山四十九窟（ひこさんしじゅうきゅうくつ）は、奈良時代の8世紀前半～9世紀前半と考えられていますが、鉄鉢形土師器（てつばちがたはじき）の年代から鑑（かんが）みて、岩屋神社（いわやじんじゃ）の歴史は、奈良時代、遅くとも平安初期には一般化していたと予想されています。

天保（てんぽう）4年（1833）に書かれた『宝珠山邑（ほうしゅやまむら）岩屋神社（いわやじんじゃ）来歴略記（らいれきりゃくき）（来歴略記（らいれきりゃくき））』によれば、崇神天皇（すじんてんのう）2年（前96）岩屋（いわや）に初めて神が鎮座（ちんざ）し、継体天皇（けいたいてんのう）26年（532）善正法師（ぜんしょうほうし）が日子山（ひこさん）に続いて宝珠山（ほうしゅやま）宝泉寺（ほうせんじ）大宝院（たいほういん）として開いたとされています。

建保（けんぽう）元年（1213）に記されたとされる『彦山流記（ひこさんるき）』、及び元亀（げんき）3年（1572）『鎮西彦山縁起（ちんぜいひこさんえんぎ）（彦山縁起（ひこさんえんぎ））』によれば、継体天皇（けいたいてんのう）25年（531）中国の北魏（ほくぎ）の仏教僧であった善正法師（ぜんしょうほうし）が渡海（とかい）し日子山（ひこさん）へ入り修行（しゅぎょう）していたところ、豊後国（ぶんごのくに）日田郡（ひたのこおり）の狩人（かりゅうど）であった藤原恒雄（ふじわらのつねお）が善正法師（ぜんしょうほうし）の弟子になって「忍辱（にんにく）」の名を与えられ、二人で日子山（ひこさん）に「霊山（れいざん）」を開いたのが日子山（ひこさん）（彦山（ひこさん）・英彦山（ひこさん））の開基（かいき）とされています。『来歴略記（らいれきりゃくき）』では、その後、善正法師（ぜんしょうほうし）の弟子の善志大徳（ぜんしだいとく）が宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）の別当（べっとう）となり、彦山（ひこさん）より代々別当職（べっとうしょく）が置かれたと記しています。

そして『来歴略記（らいれきりゃくき）』では、欽明天皇（きんめいてんのう）8年（547）神殿（しんでん）の岩上（いわうえ）の権現岩（ごんげんいわ）に霊光（れいこう）があり、社僧（しゃそう）が霊光（れいこう）を怪しんで登ると2尺ばかりの石函（せっかん）から光明（こうみょう）が放たれ、山上（さんじょう）が照り輝きます。社僧（しゃそう）は直ちに岩下（いわした）の神殿（しんでん）に安置（あんち）し、これが彦山権現（ひこさんごんげん）第一の神宝（しんぽう）「宝珠石（ほうしゅせき）」とされ、宝珠山村（ほうしゅやまむら）の名の語源となりました。村の伝承（でんしょう）では、7日7晩に渡って天地轟（てんちとどろ）き、天が焼け、霊光（れいこう）が四方に輝き、宝珠山岩屋（ほうしゅやまいわや）に降り注いだとされ、「経（きょう）が鼻（はな）」で霊光（れいこう）を鎮（しず）めるため一心不乱に経（きょう）を読んで鎮（しず）めたと伝えられています。

大化（たいか）4年（648）閏年（うるうどし）、近隣の宝珠山（ほうしゅやま）の老農（ろうのう）、掛橋（かけはし）の手島某（てしまなにがし）、そして栗木野（くりきの）の井上某（いのうえなにがし）などに「茅薦（かやこも）で包んで宝珠石（ほうしゅせき）を祀（まつ）れ」と神からお告げがあります。旧暦9月19日に手島某（てしまなにがし）、井上某（いのうえなにがし）、岩屋社（いわやしゃ）の社僧（しゃそう）とで12枚の茅薦（かやこも）で宝珠石（ほうしゅせき）を包んで祀（まつ）ったとされ、4年毎の閏年（うるうどし）に上の10枚を取り換える「薦替（こもか）え神事（しんじ）」の始まりとなったと『来歴略記（らいれきりゃくき）』は伝えています。

『彦山縁起（ひこさんえんぎ）』では、大宝（たいほう）元年（701）春、役行者（えんのぎょうじゃ）が日子山（ひこさん）に入り、三期入峯（さんきにゅうぶ）し修歴（しゅうれき）して入峰修行（にゅうぶしゅぎょう）の起源となったとしています。この三期入峯（さんきにゅうぶ）は、下記の三期に渡る入峰修行（にゅうぶしゅぎょう）で、後の英彦山（ひこさん）・宝満山（ほうまんさん）修験道（しゅげんどう）の基礎となります。

• 春峰（はるみね）：英彦山（ひこさん）（胎蔵界（たいぞうかい））→ 宝満山（ほうまんさん）（金剛界（こんごうかい））→ 英彦山（ひこさん）
• 夏峰（なつみね）：英彦山（ひこさん）（胎蔵界（たいぞうかい））→ 宝満山（ほうまんさん）（金剛界（こんごうかい））→ 英彦山（ひこさん）
• 秋峰（あきみね）：英彦山（ひこさん）（胎蔵界（たいぞうかい））→ 福智山（ふくちやま） → 英彦山（ひこさん）

『来歴略記（らいれきりゃくき）』によれば、大宝（たいほう）年中（ねんちゅう）（701-704）役行者（えんのぎょうじゃ）は宝珠山（ほうしゅやま）岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）に来訪。本殿脇（ほんでんわき）の「針（はり）の耳（みみ）」を形成する行者岩（ぎょうじゃいわ）・梵字岩（ぼんじいわ）に梵字（ぼんじ）の不動明王（ふどうみょうおう）［カンマン］、胎蔵界（たいぞうかい）大日如来（だいにちにょらい）［ア］、金剛界（こんごうかい）大日如来（だいにちにょらい）［ハ］、愛染明王（あいぜんみょうおう）［ウン］を彫刻。持っていた杖（つえ）を地面に刺すと大公孫樹（おおいちょう）になったとしています。

この善正（ぜんしょう）・忍辱（にんにく）以降の役行者（えんのぎょうじゃ）の伝承（でんしょう）に至る期間、日子山（ひこさん）は衰微（すいび）したとも伝えていますが、中興（ちゅうこう）の祖（そ）とされる法蓮上人（ほうれんしょうにん）が8世紀～9世紀初頭に彦山玉屋窟（ひこさんたまやくつ）（般若窟（はんにゃくつ））での修行（しゅぎょう）を収め、如意宝珠（にょいほうじゅ）を手に入れます。

『続日本紀（しょくにほんぎ）』、及び『八幡宇佐宮（うさじんぐう）御託宣集（ごたくせんしゅう）』に見る法蓮上人（ほうれんしょうにん）は、大宝（たいほう）3年（703）毉術（いじゅつ）（呪術（じゅじゅつ）・祈祷（きとう））を賞（しょう）され豊後国（ぶんごのくに）の40町を賜（たまわ）ったのが初見で、養老（ようろう）3年（719）の隼人（はやと）の乱に際し、翌養老（ようろう）4年（720）討伐軍と共に宇佐八幡神（うさはちまんしん）・彦山権現（ひこさんごんげん）、法蓮（ほうれん）とその弟子（華厳（けごん）・覚満（かくまん）・体能（たいのう））で同行。養老（ようろう）5年（721）法蓮（ほうれん）とその一族に「宇佐君（うさのきみ）」の姓（せい）を賜（たまわ）り、神亀（じんき）2年（725）宇佐八幡宮（うさはちまんぐう）の神宮寺（じんぐうじ）であった弥勒寺（みろくじ）を開き初代別当（しょだいべっとう）となった人物です。

『彦山流記（ひこさんるき）』によれば、法蓮上人（ほうれんしょうにん）は彦山玉屋窟（ひこさんたまやくつ）（般若窟（はんにゃくつ））に12年間の修行（しゅぎょう）に籠（こも）って修行（しゅぎょう）を積み、日子山権現（ひこさんごんげん）を収め、仏法（ぶっぽう）の象徴であり仏教の宝である「如意宝珠（にょいほうじゅ）」を手に入れます。その後、八幡神（はちまんしん）に乞われて如意宝珠（にょいほうじゅ）を宇佐八幡宮（うさはちまんぐう）に納（おさ）め、神亀（じんき）2年（725）宇佐八幡宮（うさはちまんぐう）の神宮寺（じんぐうじ）である弥勒寺（みろくじ）を開いて初代別当（しょだいべっとう）となりました。その100年後近い弘仁（こうにん）10年（819）法蓮（ほうれん）は宮中（きゅうちゅう）に参内（さんだい）し、嵯峨天皇（さがてんのう）より優れた呪術（じゅじゅつ）・医術を賞（しょう）され、日子山霊山（ひこさんれいざん）を「彦山霊仙寺（ひこさんれいせんじ）」と改称を勅許（ちょっきょ）。及び、霊仙寺（れいせんじ）の寺領（じりょう）として七里四方の神領（しんりょう）が与えられ、勅命（ちょくめい）より鎮護国家（ちんごこっか）のため建立（こんりゅう）された勅願寺（ちょくがんじ）とされました。そして帰山（きさん）した法蓮上人（ほうれんしょうにん）は、霊仙寺（れいせんじ）の仏閣（ぶっかく）や彦山十二所権現（ひこさんじゅうにしょごんげん）を造営（ぞうえい）し、「彦山四十九窟（ひこさんしじゅうきゅうくつ）」を整備したとされています。

『彦山流記（ひこさんるき）』によれば、往時（おうじ）は一辺が五間（ごけん）（約12m）で四方に庇（ひさし）がつく大日堂（だいにちどう）があり、丈六（たけろく）（約3m）の大日如来（だいにちにょらい）などが祀（まつ）られていたともされています。

彦山四十九窟（ひこさんしじゅうきゅうくつ）は、下記の三窟（さんくつ）でそれぞれ神仏（しんぶつ）の宿（やど）る石躰（しゃくたい）として、如意宝珠（にょいほうじゅ）の信仰（しんこう）の中核とされていました。

• 第一窟（だいいちくつ）：「八角水精石（はっかくすいしょうせき）」彦山玉屋窟（ひこさんたまやくつ）（般若窟（はんにゃくつ））
• 第二窟（だいにくつ）：「琥珀珠（こはくしゅ）」豊前国蔵持山（ぶぜんのくにくらもちやま）
• 第三窟（だいさんくつ）：「宝珠石（ほうしゅせき）」宝珠山（ほうしゅやま）

永暦（えいれき）元年（1160）後白河上皇（ごしらかわじょうこう）が京都に新熊野十二所権現（しんくまのじゅうにしょごんげん）を創設。養和（ようわ）元年（1181）彦山（ひこさん）をその荘園（しょうえん）とすることで紀州国（きいのくに）の熊野三山（くまのさんざん）修験道（しゅげんどう）の影響が徐々に入り始めます。岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）より20m高いところに鎮座（ちんざ）している熊野神社（くまのじんじゃ）は、その断崖（だんがい）に磨崖梵字（まがいぼんじ）が彫られ嘉禎（かてい）3年（1237）の銘文（めいぶん）があり、岩屋神社（いわやじんじゃ）においてはその当時には熊野修験（くまのしゅげん）の影響があった浸透してきていたと考えられています。室町時代に胎蔵界（たいぞうかい）としての彦山（ひこさん）と金剛界（こんごうかい）の宝満山（ほうまんさん）の尾根筋（おねすじ）を踏破（とうは）する入峰修行（にゅうぶしゅぎょう）が確立されると、玉置宿（たまきしゅく）（玉来宿（たまきしゅく））として修行（しゅぎょう）の重要拠点とされました。

元禄（げんろく）16年（1703）までに当項が編纂（へんさん）された貝原益軒（かいばらえきけん）による『筑前国続風土記（ちくぜんのくにしょくふどき）』では、現存はしないものの徳治年中（とくじねんちゅう）（1306-1307）に岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）の棟札（むねふだ）があったと伝えています。『来歴略記（らいれきりゃくき）』によれば、文明（ぶんめい）10年（1478）宝殿（ほうでん）を建立（こんりゅう）。文明年間（ぶんめいねんかん）（1469-1487）岩屋六坊（いわやろくぼう）とも呼ばれ、僧坊（そうぼう）も多く七堂伽藍（しちどうがらん）（金堂（こんどう）・講堂（こうどう）・塔（とう）・食堂（しょくどう）・鐘楼（しょうろう）・経蔵（きょうぞう）・僧坊（そうぼう））で祭祀（さいし）が盛んであったとされています。

しかし、永禄天正年中（えいろくてんしょうねんちゅう）（1558-1592）彦山（ひこさん）は秋月種実（あきづきたねざね）と軍事同盟を結んだため、永禄（えいろく）11年（1568）、天正（てんしょう）9年（1581）の大友宗麟（おおともそうりん）・義統（よしむね）との戦いで焼（や）き討（う）ちを受け徹底的に破壊され荒廃。岩屋社（いわやしゃ）もまた、わずかに岩屋坊（いわやぼう）の子孫だけが相続して祭祀（さいし）を司（つかさど）るのみとなり、慶長（けいちょう）11年（1606）に至り、小石原（こいしわら）松尾城主（まつおじょうしゅ）の中間統胤（なかまむねたね）が岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）本殿（ほんでん）を再建（さいけん）したと『来歴略記（らいれきりゃくき）』は伝えています。

中世末、修験道（しゅげんどう）は天台宗系（てんだいしゅうけい）の本山派（ほんざんは）と真言宗系（しんごんしゅうけい）の当山派（とうざんは）の二派による支配が進みました。江戸時代に入ると、江戸幕府は国々を横断して修行（しゅぎょう）する修験道（しゅげんどう）を危険（けわ）視して統制を強めることとなります。彦山（ひこさん）は本山派（ほんざんは）の総本山（そうほんざん）・聖護院（しょうごいん）の系統であるものの、独自の発展をしてきていたことから、宝満山（ほうまんさん）修験道（しゅげんどう）を含めての本末論争（ほんまつろんそう）を引き起こすこととなります。

慶長（けいちょう）7年（1601）本山派（ほんざんは）と当山派（とうざんは）の確執がピークを迎え、江戸幕府は慶長（けいちょう）18年（1613）「修験道法度（しゅげんどうはっと）（山伏法度（やまぶしはっと））」を発布（はっぷ）。圧倒的な本山派（ほんざんは）による修験道山伏（しゅげんどうやまぶし）の支配力を嫌い、本山派（ほんざんは）と当山派（とうざんは）とは別派（べっぱ）として認定し、互いに牽制（けんせい）させる意図がありました。元和（げんな）4年（1618）には、当山派（とうざんは）・本山派（ほんざんは）以外の山伏（やまぶし）は偽山伏（にせやまぶし）として諸国勧進（しょこくかんじん）を禁止し、本山派（ほんざんは）と当山派（とうざんは）の必ずどちらかの派に属するものとされます。しかし、本山派（ほんざんは）の聖護院（しょうごいん）と関係があるものの、独自の歴史を持っていた彦山（ひこさん）は聖護院（しょうごいん）の配下になることに抵抗します。

• 本山派（ほんざんは）：天台宗系（てんだいしゅうけい）で修行（しゅぎょう）の拠点は熊野三山（くまのさんざん）。本寺（ほんじ）は聖護院（しょうごいん）。
• 当山派（とうざんは）：真言宗系（しんごんしゅうけい）で修行（しゅぎょう）の拠点は大峰山（おおみねさん）。本寺（ほんじ）は三宝院（さんぽういん）（醍醐寺（だいごじ））。

この流れの中、慶長（けいちょう）7年（1601）9月15日小倉藩主（こくらはんしゅ）（前豊前国主（ぶぜんこくしゅ））の細川忠興（ほそかわただおき）は日野輝資（ひのてるすけ）の次男・玄賀（げんが・くろよし）を養子として細川忠有（ほそかわただあり）と改名し、彦山（ひこさん）世襲座主（せしゅうざす）舜有（しゅんゆう）の孫である遺児（いじ）・昌千代姫（まさちよひめ）と婚約を結ばせます。その結果、細川忠有（ほそかわただあり）（玄賀（げんが・くろよし））が彦山座主（ひこさんざす）を相続。10月に細川忠興（ほそかわただおき）が彦山座主（ひこさんざす）の細川忠有（ほそかわただあり）（玄賀（げんが・くろよし））に知行し、12月23日には福岡藩（ふくおかはん）初代藩主（しょだいはんしゅ）・黒田長政（くろだながまさ）が上座郡（じょうざぐん）黒川村（くろかわむら）の300石を寄進（きしん）しました。その動乱の中、『来歴略記（らいれきりゃくき）』によれば、慶長（けいちょう）11年（1606）小石原（こいしわら）松尾城主（まつおじょうしゅ）の中間統胤（なかまむねたね）により岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）の本殿（ほんでん）が再建（さいけん）されています。

元和（げんな）9年（1623）9月に黒田長政（くろだながまさ）の死去から第2代福岡藩藩主（ふくおかはんはんしゅ）・黒田忠之（くろだただゆき）になると黒川村（くろかわむら）の300石は彦山（ひこさん）へ再寄進（さいきしん）されることなく没収されます。岩屋神社（いわやじんじゃ）には、黒田忠之（くろだただゆき）が宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）の茅薦（かやこも）に包まれた宝珠石（ほうしゅせき）を見んと薦（こも）を剥（は）ぐと白蛇（しろへび）が襲い掛かり、命からがら逃げ帰るとの伝承（でんしょう）が残されていることからも彦山（ひこさん）、そして宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）と福岡藩（ふくおかはん）との関係性は悪化していたと考えられています。

『来歴略記（らいれきりゃくき）』によれば、寛永（かんえい）20年（1643）2000石で宝珠山村（ほうしゅやまむら）に入った筑紫四郎右衛門興門（つくししろううえもんおきかど）が岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）本殿（ほんでん）を再建（さいけん）し、末社（まっしゃ）7社も再興（さいこう）。祭祀（さいし）の田畑御供料（でんばたごくりょう）として田数（でんすう）八畝畠高（はたけだか）六石を寄進（きしん）されます。毎年、御供料（ごくりょう）として一石三斗二升も寄進（きしん）されることとなり本格的に復興が進みました。この後、筑紫氏（つくしし）は代々、岩屋社（いわやしゃ）に木造鳥居（もくぞうとりい）を寄進（きしん）することとなります。

承応（じょうおう）3年（1654）福岡藩藩主（ふくおかはんはんしゅ）が第3代・黒田光之（くろだみつゆき）に代わると、明暦年間（めいれきねんかん）（1655-58）福岡藩（ふくおかはん）は、藩内の修験道（しゅげんどう）を取り仕切る「惣職（そうしょく）」に博多の真言宗当山派（しんごんしゅうとうざんは）・明厳院（みょうごんいん）を指名。明厳院（みょうごんいん）を通して山伏（やまぶし）を支配するよう舵（かじ）を切ります。それに対し宝満山（ほうまんさん）はその配下になることに反発し、彦山（ひこさん）に協力を求めます。この時の宝満山（ほうまんさん）の使者であった財行坊（ざいぎょうぼう）・山中坊（やまなかぼう）は「宝満山（ほうまんさん）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）紛（まぎ）れ無き」との証文（しょうもん）を受けたことで、逆に宝満山（ほうまんさん）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）であると主張されることになりました。
※「財行坊（ざいぎょうぼう）・山中坊（やまなかぼう）」の読み方と共に関係性がわかりません。「財行坊（ざいぎょうぼう）の山中坊（やまなかぼう）」なのか「財行坊（ざいぎょうぼう）と山中坊（やまなかぼう）」。財行坊（ざいぎょうぼう）は役職名なのか、人物なのか教えていただくと幸いです。

これを機に、彦山（ひこさん）と宝満山（ほうまんさん）、そして本山派（ほんざんは）の本寺（ほんじ）である聖護院（しょうごいん）との本末論争（ほんまつろんそう）が勃発します。

宝満山（ほうまんさん）の長（おさ）（法頭（ほうず））であった平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）になることに反発。万治（まんじ）元年（1658）2月18日、平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）は福岡藩（ふくおかはん）に対し、真言宗系（しんごんしゅうけい）は当山派（とうざんは）明厳院（みょうごんいん）への支配下に、天台宗系（てんだいしゅうけい）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）・末寺（まつじ）も含め宝満山（ほうまんさん）の傘下に置くよう主張。それにより宝満山（ほうまんさん）は親彦山派（しんひこさんは）と、聖護院（しょうごいん）の配下とする反彦山派（はんひこさんは）（親聖護院派（しんしょうごいんは））に分裂します。そして宝満山（ほうまんさん）内部での対立は、宝満山（ほうまんさん）を巡る彦山（ひこさん）と聖護院（しょうごいん）の対立、本末論争（ほんまつろんそう）へと発展することとなりました。そして寛文（かんぶん）5年（1665）に「古来宝満山（こらいほうまんさん）は金剛界（こんごうかい）、彦山（ひこさん）は胎蔵界（たいぞうかい）、役行者（えんのぎょうじゃ）以来双（なら）び立ちたる峯（みね）と承（うけたまわ）り候（そうろう）」と主張して聖護院（しょうごいん）の末山（まつさん）となります。

この宝満山（ほうまんさん）の動きに彦山（ひこさん）は激怒し、宝満山山伏（ほうまんさんやまぶし）が秋峰（あきみね）の入峰修行（にゅうぶしゅぎょう）で宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）から彦山（ひこさん）に入るのを許さず、彦山（ひこさん）での修行（しゅぎょう）は中止になります。

その後、平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）は数度の上洛（じょうらく）の後、延宝（えんぽう）4年（1676）聖護院門主（しょうごいんもんしゅ）に拝謁（はいえつ）を果たします。天和（てんな）2年（1682）彦山座主相有（ひこさんざすともあり）が夏峰（なつみね）修行（しゅぎょう）で宝満山（ほうまんさん）に入るも平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）は面会を拒否。貞享（じょうきょう）2年（1685）平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）が聖護院門主（しょうごいんもんしゅ）の招きで大峰山入峰（おおみねさんにゅうぶ）にお伴（とも）。この動きの中で聖護院（しょうごいん）は、彦山（ひこさん）も聖護院（しょうごいん）の末山（まつさん）で、宝満山（ほうまんさん）の支配権は聖護院（しょうごいん）側にあると主張するに及び、「彦山（ひこさん）・宝満山（ほうまんさん）」の本末論争（ほんまつろんそう）は「彦山（ひこさん）・聖護院（しょうごいん）」にまで発展することになりました。

この本末論争（ほんまつろんそう）の対立の中で両陣営の先端となっていたのが宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）でした。また、自国領内の修験道（しゅげんどう）の各山・寺を統制下に置きたいと考えていた福岡藩（ふくおかはん）としては、何としてでも彦山末（ひこさんまつ）から宝満山末（ほうまんさんまつ）に鞍替（くらが）えさせる必要があったと考えられています。

平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）が大峰山入峰（おおみねさんにゅうぶ）にお伴（とも）した貞享（じょうきょう）2年（1685）の「彦山（ひこさん）末山付（まつさんつき）」には「宝珠山岩屋坊（ほうしゅやまいわやぼう）」と記されており、この時までは岩屋社（いわやしゃ）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）となっていたことが確認されています。しかし、岩屋社（いわやしゃ）は筑前領内（ちくぜんりょうない）の重要な拠点で、福岡藩（ふくおかはん）としても彦山（ひこさん）から宝満山（ほうまんさん）へ鞍替（くらが）えさせたい地でした。一方、岩屋社（いわやしゃ）は寛永（かんえい）20年（1643）の再建（さいけん）から40年経っており、境内（けいだい）整備が求められている時期でもありました。

彦山（ひこさん）が福岡藩（ふくおかはん）の寺社奉行（じしゃぶぎょう）に宝満山（ほうまんさん）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）と訴え出た貞享（じょうきょう）3年（1686）の2月に岩屋社（いわやしゃ）の境内社（けいだいしゃ）で、聖護院（しょうごいん）の熊野修験（くまのしゅげん）の流れを汲む熊野十二所権現社（くまのじゅうにしょごんげんしゃ）が再建（さいけん）されます。貞享（じょうきょう）3年（1686）岩屋社（いわやしゃ）本殿（ほんでん）までの石階段を造営（ぞうえい）。貞享（じょうきょう）4年（1687）村民により住吉大明神社（すみよしだいみょうじんしゃ）が建立（こんりゅう）されました。

貞享（じょうきょう）3年（1686）彦山（ひこさん）が福岡藩（ふくおかはん）の寺社奉行（じしゃぶぎょう）に対し、宝満山（ほうまんさん）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）であると訴え出ます。貞享（じょうきょう）5年（1688）福岡藩（ふくおかはん）は彦山（ひこさん）も宝満山（ほうまんさん）も聖護院（しょうごいん）の末山（まつさん）と沙汰（さた）を下し、彦山（ひこさん）と宝満山（ほうまんさん）の本末（ほんまつ）の判断を下しませんでした。しかし、騒動の原因となった宝満山（ほうまんさん）側の関係者を処分します。宝満山（ほうまんさん）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）との証文（しょうもん）を入れさせた財行坊（ざいぎょうぼう）・山中坊（やまなかぼう）を追放。宝満山（ほうまんさん）衆頭（しゅうとう）の平石坊弘有（ひらいしぼうこうゆう）を離山（りざん）させ禁固とし、元禄（げんろく）2年（1692）2月に彦山（ひこさん）と宝満山（ほうまんさん）とは一応の和解を見ます。

その当時、宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）では、元禄（げんろく）2年（1692）3月1日に鳥井口（とりいぐち）の一の鳥居（とりい）が建立（こんりゅう）。額束（がくづか）は現在残っていないものの、貝原益軒（かいばらえきけん）の妻・貝原東軒（かいばらとうけん）の書とされています。元禄（げんろく）2年（1692）9月20日には本殿（ほんでん）右手の祠（ほこら）の薬師堂（やくしどう）が建立（こんりゅう）されました。

しかし、元禄（げんろく）6年（1693）宝満山新座主（ほうまんさんしんざす）の兼雅（かねまさ？けんが？）が聖護院（しょうごいん）の入峰（にゅうぶ）のお伴（とも）をして、宝満山（ほうまんさん）は完全に聖護院（しょうごいん）の末山（まつさん）となります。彦山（ひこさん）はそれに対し反発を強め、とうとう聖護院（しょうごいん）との対立が直接的に顕現（けんげん）します。

ついに彦山（ひこさん）は、元禄（げんろく）8年（1695）11月に彦山（ひこさん）は「宝満山（ほうまんさん）は彦山（ひこさん）の末山（まつさん）であり、彦山（ひこさん）は聖護院（しょうごいん）の末山（まつさん）ではない」と幕府の寺社奉行（じしゃぶぎょう）に訴え出ました。

幕府は彦山（ひこさん）の提訴を受け、元禄（げんろく）9年（1696）3月、幕府による裁定が出されます。内容は、幕府は彦山（ひこさん）は、一度もどこかの末山（まつさん）になったことはないので別格本山（べっかくほんざん）と認める。そして宝満山（ほうまんさん）は聖護院（しょうごいん）の末山（まつさん）とする。これによって彦山（ひこさん）と宝満山（ほうまんさん）、及び聖護院（しょうごいん）との和解が成立しました。

この本末論争（ほんまつろんそう）の後、宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）は、宝満山（ほうまんさん）の末山（まつさん）となります。貞享（じょうきょう）2年（1685）彦山（ひこさん）の文書（もんじょ）に「彦山（ひこさん）末山付（まつさんつき）」に「宝珠山岩屋坊（ほうしゅやまいわやぼう）」との名が記されているのが彦山（ひこさん）の末山（まつさん）としての最後です。宝満山（ほうまんさん）の末山（まつさん）としての記載は享保（きょうほう）3年（1718）の宝満山（ほうまんさん）秋峰（あきみね）修行（しゅぎょう）に岩屋坊（いわやぼう）が参加したことが記されているのが初見ですが、貞享（じょうきょう）2年（1685）から本末論争（ほんまつろんそう）が決着した元禄（げんろく）9年（1696）までの間に彦山（ひこさん）から宝満山末（ほうまんさんまつ）へと鞍替（くらが）えしたと考えられています。

本末論争（ほんまつろんそう）の決着の後、宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）では、本殿（ほんでん）を始めとする建立（こんりゅう）が行われます。本末論争（ほんまつろんそう）が決着した元禄（げんろく）9年（1696）の翌々年の元禄（げんろく）11年（1698）9月、福岡藩（ふくおかはん）4代藩主（だいはんしゅ）・黒田綱政（くろだつなまさ）が宝珠山（ほうしゅやま）岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）本殿（ほんでん）を建立（こんりゅう）。この建立（こんりゅう）は、藩の財政難の中の建立（こんりゅう）であり、黒田家（くろだけ）から御普請料（ごぶしんりょう）として白銀20枚、材木の寄進（きしん）があり、社地（しゃち）として13,000坪を寄進（きしん）されました。

江戸中期に入ると、村民の手による復興・再建（さいけん）が主体となってきます。享保（きょうほう）2年（1717）2月、村民から石燈籠（いしどうろう）の奉納（ほうのう）。享保（きょうほう）15年（1730）7月、村民が薬師堂（やくしどう）を改営（かいえい）。元文（げんぶん）2年（1737）8月、村民が御神体（ごしんたい）を収める厨子（ずし）として内殿（ないでん）を建立（こんりゅう）。元文（げんぶん）2年（1737）11月、住吉大明神社（すみよしだいみょうじんしゃ）を改営（かいえい）し、現在は薬師堂（やくしどう）と合祀（ごうし）されている虚空蔵堂（こくぞうどう）が建立（こんりゅう）されました。

元文（げんぶん）年間（ねんかん）（1736-1741）福岡藩（ふくおかはん）6代藩主（だいはんしゅ）・黒田継高（くろだつぐたか）に子女（しじょ）が誕生するたびに祈祷（きとう）が仰（おお）せ遣（つか）わされていたことが『来歴略記（らいれきりゃくき）』に記されています。寛保（かんぽう）2年（1742）夏、岩屋社（いわやしゃ）本殿（ほんでん）の屋根の上に小竹（こたけ）が向かい合って2本生え、若殿様（わかとのさま）の御吉事（おんきちじ）と出る奇瑞（きずい）として12月に、福岡城下（ふくおかじょうか）の役人に申し出ます。寛保（かんぽう）3年（1742）正月、もう一本生えて福岡藩（ふくおかはん）からの参詣（さんけい）しての見分（けんぶん）があり、1月28日、福岡藩主（ふくおかはんしゅ）と若殿（わかとの）から御初穂（おはつほ）として御金子（おんきんす）が神納（しんのう）されました。又、その際に「当山（とうざん）の大日如来（だいにちにょらい）は疱瘡守護（ほうそうしゅご）の霊仏（れいぶつ）である」と具申（ぐしん）すると、疱瘡安全（ほうそうあんぜん）の祈願（きがん）を行うこととなり、以降、疱瘡流行時（ほうそうりゅうこうじ）に祈願（きがん）を行い御守札（おまもりふだ）を献上（けんじょう）するよう命（めい）ぜられました。

延享（えんきょう）4年（1747）7月、元禄（げんろく）11年（1698）の本殿（ほんでん）建立（こんりゅう）から50年近く経っていたことから再建（さいけん）が図られ、岩屋権現建立（いわやごんげんこんりゅう）の勧請芝居（かんじょうしばい）が上座（じょうざ）・下座（げざ）・夜須（やす）・三笠（みかさ）の四郡で許可されます。

宝暦（ほうれき）2年（1752）7月、村民により大日堂（だいにちどう）に上がる石段が造営（ぞうえい）され、5～8月には当山石門（とうざんせきもん）（中宮（ちゅうぐう）の・洞門（どうもん））が掘られました。しかし、宝暦（ほうれき）4年（1754）40日間もの梅雨の長雨、8月の台風、10月24日の落雷で鳥居（とりい）が壊れるなどの被害。宝暦（ほうれき）5年（1755）3月、福岡藩（ふくおかはん）は岩屋社（いわやしゃ）本殿（ほんでん）の改築のため福岡藩領内（ふくおかはんりょうない）での相対勧化（あいたいかんげ）（勧請（かんじょう））を許可します。宝暦（ほうれき）7年（1757）7月、大日堂（だいにちどう）への鎖（くさり）が日田（ひた）の崇敬（すうけい）者から寄進（きしん）。宝暦（ほうれき）8年（1758）石燈籠（いしどうろう）が日田（ひた）の崇敬（すうけい）者から寄進（きしん）。そして同年12月5日、岩屋社（いわやしゃ）本殿（ほんでん）と中宮（ちゅうぐう）の建立（こんりゅう）のため大工が小屋入りします。宝暦（ほうれき）9年（1759）4月5日、遷宮移徒（せんぐうわたまし）が行われ、4月中に、高住神社（たかすみじんじゃ）・氏森大明神（うじもりだいみょうじん）・金比羅大明神（ことひらだいみょうじん）を中宮（ちゅうぐう）に勧請（かんじょう）。4月23日、普請（ぶしん）が成就（じょうじゅ）し、現在に伝わる本殿（ほんでん）と中宮（ちゅうぐう）の建立（こんりゅう）されました。同年5月には五百羅漢（ごひゃくらかん）（千躰地蔵（せんたいじぞう）・千躰仏（せんたいぶつ））が祀（まつ）られます。後に、慶応（けいおう）4年（1868）廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）により石仏（せきぶつ）は破壊されて、谷底に放り込まれることとなりますが、村民に拾われた153体が現在、馬（うま）の首根岩（こうねいわ）の斜面に安置（あんち）されています。

宝暦（ほうれき）12年（1762）9月13日-19日にかけて大日如来（だいにちにょらい）社の950年供養（ねんくよう）を斎行（さいこう）。安永（あんえい）3年（1774）村民により御神体（ごしんたい）を安置（あんち）する厨子（ずし）（内殿（ないでん））、戸張（とばり）3流、石燈籠（いしどうろう）2本の寄進（きしん）がありました。安永（あんえい）9年（1780）本殿下（ほんでんした）の木造鳥居（もくぞうとりい）の寄進（きしん）があり、11月には役行者（えんのぎょうじゃ）の像一体とそれを安置（あんち）する役行者（えんのぎょうじゃ）堂を建立（こんりゅう）されました。現在は廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）で壊されてありませんが、天満宮（てんまんぐう）の場所にあったとされています。安永（あんえい）10年（1781）3月、村民の寄進（きしん）により下宮（げくう）に天満宮（てんまんぐう）が建立（こんりゅう）。平成16年（2004）に現在地の中宮下（ちゅうぐうした）石階段の踊場横（おどりばよこ）に遷座（せんざ）しました。

明治期に入ると慶応（けいおう）4年・明治元年（1868）3月28日の「神仏分離令（しんぶつぶんりれい）」に続き、明治5年（1872）9月15日の「修験宗廃止令（しゅげんしゅうはいしれい）」が出されて修験者（しゅげんしゃ）は天台（てんだい）・真言（しんごん）の両宗（りょうしゅう）に包摂（ほうせつ）され、解体されることとなりました。宝珠山岩屋社（ほうしゅやまいわやしゃ）も、無格社（むかくしゃ）の岩屋神社（いわやじんじゃ）として再出発することとなりました。

昭和25年（1950）7月29日に岩屋神社（いわやじんじゃ）周辺一帯・岩屋公園（いわやこうえん）が「耶馬日田英彦山（やばひたひこさん）国定公園（こくていこうえん）」に指定。昭和35年（1960）8月5日「宝珠山岩屋（ほうしゅやまいわやしゃ）の大岩（おおいわ）」・「岩屋（いわや）の大公孫樹（おおいちょう）」が福岡県指定天然記念物に指定。昭和36年（1961）10月20日に「岩屋（いわや）のゲンカイツツジ」が、昭和51年（1976）4月24日に「岩屋（いわや）のオオツバキ」が福岡県指定天然記念物に追加で指定されました。

昭和63年（1988）6月7日、24-25日の2度に渡り本格的な学術調査が行われ、同年12月19日に「岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）・境内社（けいだいしゃ）熊野神社（くまのじんじゃ）本殿（ほんでん）」が国指定重要文化財（くにしていじゅうようぶんかざい）の指定がなされました。平成17年（2005）1月30日から修理と共に本格的な発掘調査が行われました。同年11月18日に熊野神社（くまのじんじゃ）の上棟式（じょうとうしき）、平成18年（2006）6月20日に本殿（ほんでん）の上棟式（じょうとうしき）が斎行（さいこう）され、同年10月16日に竣工式（しゅんこうしき）が執（と）り行われました。

権現岩（ごんげんいわ）と称される大岩（おおいわ）の下の窪（くぼ）みに建つ岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）は、英彦山（ひこさん）の修験（しゅげん）に関係する貴重な遺構（いこう）として、また、岩場の険（けわ）しい環境に適合した建築形態をとっていることから昭和63年（1988）12月19日に境内社（けいだいしゃ）熊野神社（くまのじんじゃ）本殿（ほんでん）と共に国指定重要文化財（くにしていじゅうようぶんかざい）の指定を受けています。本殿（ほんでん）の外殿（がいでん）は、桁行（けたゆき）五間（ごけん）、梁間（はりま）五間（ごけん）、茅杉皮重葺（かやすぎかわかさねぶき）きの入母屋造（いりもやづく）り。正面には参拝者用（さんぱいしゃよう）の桁行（けたゆき）三間（さんけん）の向拝（こうはい）があります。茅薦包（かやこもつつ）みの「宝珠石（ほうしゅせき）」を安置（あんち）し、その後方の内殿（ないでん）は三間社見世棚造（さんげんしゃみせだなづくり）で、英彦山権現（ひこさんごんげん）と同神の御神像（ごしんぞう）（天忍穂耳尊（あめのおしほみみのみこと）・伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・伊弉冊尊（いざなみのみこと））を安置（あんち）しています。宝珠石（ほうしゅせき）は、仏の教えの象徴で、何でも願いが叶（かな）う不思議な玉（たま）・宝石（ほうせき）とされています。

『筑前国続風土記（ちくぜんのくにしょくふどき）』では、現存はしないものの徳治年中（とくじねんちゅう）（1306-1307）に岩屋権現社（いわやごんげんしゃ）の棟札（むねふだ）があったと伝えられ、『来歴略記（らいれきりゃくき）』によれば文明（ぶんめい）10年（1478）宝殿（ほうでん）を建立（こんりゅう）したことが記されています。しかし、永禄天正年中（えいろくてんしょうねんちゅう）（1558-1592）彦山（ひこさん）は秋月種実（あきづきたねざね）と軍事同盟を結んだため、大友宗麟（おおともそうりん）・義統（よしむね）との戦いで焼（や）き討（う）ちを受け徹底的に破壊。慶長（けいちょう）11年（1606）に至り、小石原（こいしわら）松尾城主（まつおじょうしゅ）の中間統胤（なかまむねたね）が再建（さいけん）したと『来歴略記（らいれきりゃくき）』は伝えています。元禄（げんろく）11年（1698）9月、福岡藩（ふくおかはん）4代藩主（だいはんしゅ）・黒田綱政（くろだつなまさ）により本格的に再建（さいけん）。宝暦（ほうれき）9年（1759）4月23日の改築、安永（あんえい）3年（1774）内殿（ないでん）の改築を経て、2006年（平成18年）10月、できる限り使われている材料を活かし修繕（しゅうぜん）されました。

宝珠石（ほうしゅせき）に纏（まつ）わる重要な神事（しんじ）は、閏年（うるうどし）の10月19日に斎行（さいこう）される「薦替（こもか）え神事（しんじ）」です。「薦替（こもか）え神事（しんじ）」では、宝珠石（ほうしゅせき）を目にするのは禁忌（きんき）とされています。もし目にすると目が潰（つぶ）れるとされ、目に覆（おお）いを被（かぶ）せ、決して宝珠石（ほうしゅせき）を直接目にすることが無いよう慎重に手探りで斎行（さいこう）される神事（しんじ）です。そのため宝珠石（ほうしゅせき）の正体は不明とされています。通説では宝珠石（ほうしゅせき）は、本殿（ほんでん）の正面に祀（まつ）られている茅薦（かやこも）で包まれた大石（おおいし）と考えられていますが、近年は3つの説が考えられています。

• ① 本殿（ほんでん）正面の茅薦（かやこも）で包まれ「薦替（こもか）え神事（しんじ）」の御神体（ごしんたい）とされる大人5人が取り囲むほどの大石（おおいし）1体。元は隕石（いんせき）か？
• ② 本殿（ほんでん）正面の突き出た大石（おおいし）の上に飛来（ひらい）したとされる隕石（いんせき）を合せて祀（まつ）っている。
• ③ 茅薦（かやこも）で包まれた大石（おおいし）の上方、権現岩（ごんげんいわ）窟壁（くつへき）から湧出（ゆうしゅつ）するように突き出た自然石（じねんせき）。

この3つの説の中、③の説は平成17年（2005）岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）解体修理工事における発掘調査と、宝永（ほうえい）6年（1709）に完成を見た貝原益軒（かいばらえきけん）による『筑前国続風土記（ちくぜんこくしょくふどき）』における記載から注目すべき指摘と考えられています。

【①】の説の由来となっているのは天保（てんぽう）4年（1833）に書かれた『来歴略記（らいれきりゃくき）』です。継体天皇（けいたいてんのう）26年（532）善正法師（ぜんしょうほうし）が日子山（ひこさん）に続いて宝珠山岩屋（ほうしゅやまいわやしゃ）を開きます。その15年後の欽明天皇（きんめいてんのう）8年（547）神殿（しんでん）の岩上（いわうえ）の権現岩（ごんげんいわ）に霊光（れいこう）があり、社僧（しゃそう）が霊光（れいこう）を怪しんで登ると2尺ばかりの石函（せっかん）から光明（こうみょう）が放たれ、山上（さんじょう）が照り輝きます。社僧（しゃそう）は直ちに岩下（いわした）の神殿（しんでん）に安置（あんち）し、これを彦山権現（ひこさんごんげん）第一の神宝（しんぽう）「宝珠石（ほうしゅせき）」とし、宝珠山村（ほうしゅやまむら）の名の語源となりました。村の伝承（でんしょう）では、7日7晩に渡って天地轟（てんちとどろ）き、天が焼け、霊光（れいこう）が四方に輝き、宝珠山岩屋（ほうしゅやまいわや）に降り注いだとされ、「経（きょう）が鼻（はな）」で霊光（れいこう）を鎮（しず）めるため一心不乱に経（きょう）を読んで鎮（しず）めたと伝えられています。村の伝承（でんしょう）では、宝珠石（ほうしゅせき）を「星（ほし）の玉・星（ほし）さま」と呼び、天から降ってきたとされています。一方で「宝珠（ほうしゅ）→星（ほし）」に変換されたとの指摘もされています。また、貞観（じょうがん）3年（861）直方市（なおかたし）の須賀神社（すがじんじゃ）の社伝（しゃでん）にて火球（かきゅう）の記録が残されており、その時の火球（かきゅう）の原因となった隕石（いんせき）ではとの指摘もなされています。

また、大化（たいか）4年（648）閏年（うるうどし）、近隣の宝珠山（ほうしゅやま）の老農（ろうのう）、掛橋（かけはし）の手島某（てしまなにがし）、そして栗木野（くりきの）の井上某（いのうえなにがし）などに「茅薦（かやこも）で包んで宝珠石（ほうしゅせき）を祀（まつ）れ」と神からお告げがあります。旧暦9月19日に手島某（てしまなにがし）、井上某（いのうえなにがし）、岩屋社（いわやしゃ）の社僧（しゃそう）とで12枚の茅薦（かやこも）で宝珠石（ほうしゅせき）を包んで祀（まつ）ったとされ、4年毎の閏年（うるうどし）に上の10枚を取り換える「薦替（こもか）え神事（しんじ）」の始まりとなったと『来歴略記（らいれきりゃくき）』は伝えています。

続いて【②】の説は、古（いにしえ）の隕石（いんせき）由来と思われる霊光（れいこう）があったとする伝承（でんしょう）、そして如意宝珠（にょいほうじゅ）の形体から鑑（かんが）みて、段にして重ねて祀（まつ）っているとの説になります。

最後に【③】の説は、平成17年（2005）の発掘調査にて明らかになった事実から提唱されるようになったものです。この岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）再建（さいけん）に向けて、平成17年（2005）事前の発掘調査が行われました。その調査で窟内の神殿（しんでん）を解体を進めると、茅薦（かやこも）で包まれた宝珠石（ほうしゅせき）のほぼ真上10m程に、直径1～2mに及ぶ半円球の滑らかな表面をした自然石（じねんせき）が、荒々しい岩肌から湧出（ゆうしゅつ）するかのように姿を出していました。これまで本殿（ほんでん）の屋根に隠されていたその自然石（じねんせき）は、あたかも天上（てんじょう）に輝く巨星（きょせい）のように見えると調査報告では記されています。

この調査では、8世紀後半（775-800）の僧侶（そうりょ）が托鉢（たくはつ）の時に使用する鉄鉢形土師器（てつばちがたはじき）を発掘したのと共に、岩屋神社（いわやじんじゃ）本殿（ほんでん）は元々は現在の社殿（しゃでん）とは向きが異なっていたことを明らかにしました。元々の本殿（ほんでん）は東西南北の方向を意識し、権現岩内壁（ごんげんいわないへき）から湧出（ゆうしゅつ）するように突き出た自然石（じねんせき）を最深部中央として、その下を祭場（さいじょう）にしていたこと。そして後に、その場に本殿（ほんでん）を造営（ぞうえい）していたことを明かにしました。そして現在の本殿（ほんでん）の向き、つまり茅薦包（かやこもつつ）みの宝珠石（ほうしゅせき）と内殿（ないでん）の御神像（ごしんぞう）を中心軸にして祀（まつ）る形態へ変更されたのは、本末論争（ほんまつろんそう）の中で彦山末（ひこさんまつ）から宝満山末（ほうまんさんまつ）となり、その褒賞（ほうしょう）として再建（さいけん）された元禄（げんろく）11年（1698）以降だと明らかにしています。また、内殿（ないでん）に英彦山権現（ひこさんごんげん）と同神の御神像（ごしんぞう）（天忍穂耳尊（あめのおしほみみのみこと）・伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・伊弉冊尊（いざなみのみこと））を祀（まつ）るようになったのは、宝暦（ほうれき）9年（1759）から安永（あんえい）3年（1774）の改築までの期間としています。そしてその後の天保（てんぽう）4年（1833）の『来歴略記（らいれきりゃくき）』との間に、本来の崇拝対象（すうはいたいしょう）である岩窟壁上方（くつへきじょうほう）の自然石（じねんせき）から、外殿（がいでん）の茅薦包（かやこもつつ）みの宝珠石（ほうしゅせき）に崇拝対象（すうはいたいしょう）が変更され、内殿（ないでん）に祀（まつ）る御神像（ごしんぞう）へ崇拝（すうはい）を重視するように切り替えられたと指摘しています。

元々はこの窟壁（くつへき）上の自然石（じねんせき）を祀（まつ）っていたことを示唆するものとして元禄（げんろく）16年（1703）までに当項が編纂（へんさん）された貝原益軒（かいばらえきけん）による『筑前国続風土記（ちくぜんのくにしょくふどき）』の記載も残されています。