元々、木原山（きわらやま）と称されていた雁回山（がんかいざん）の本宮（ほんぐう）は、後白河天皇（ごしらかわてんのう）の御代（みよ）（1155-1158）、保元（ほうげん）の乱（らん）での強弓（つよゆみ）で名高い平安時代末期の武将・鎮西八郎（ちんぜいはちろう）為朝（ためとも）（源為朝（みなもとのためとも））が木原城（きはらじょう）に居城（きょじょう）の折、阿蘇宮（あそのみや）を崇敬（すうけい）し、西国（さいこく）安鎮（あんちん）祈願（きがん）の遙拝殿（ようはいでん）を立てたのが始まりと伝えられてます。

その後、治承（ちしょう）2年（1178）高倉天皇（たかくらてんのう）の勅願（ちょくがん）にて鎮西（ちんぜい）地方の鎮護（ちんご）の宮（みや）として本宮（ほんぐう）創建（そうけん）の御綸旨（ごりんじ）を賜（たまわ）り、時の内大臣（ないだいじん）の平重盛（たいらのしげもり）が、緑川（みどりかわ）沿いの菰江（こものえ）の地に着船。阿蘇大明神（あそだいみょうじん）、天照皇大神（あまてらすすめおおかみ）、埴安姫神（はにやすひめのかみ）、諏訪大明神（すわだいみょうじん）、氷川大明神（ひかわだいみょうじん）、稲荷大明神（いなりだいみょうじん）を総称（そうしょう）して六殿大明神（ろくでんだいみょうじん）と号（ごう）し、木原明熊（きはらあけぐま）に仮宮（かりみや）を建てたのが六殿神社（ろくでんじんじゃ）の創建（そうけん）です。

寿永元年（1182）肥後守（ひごのかみ）菊池隆直（きくちたかなお）を社殿（しゃでん）造宮（ぞうぐう）の任にあたらせ給（たま）い、直（ただ）ちに木原山（きわらやま）麓（ふもと）の現在地に御社殿（ごしゃでん）を造営（ぞうえい）し、神領（しんりょう）750町を寄進（きしん）。更に神護寺（じんごじ）として円福寺（えんぷくじ）（不動明王（ふどうみょうおう）ほか5体安置（あんち））を建立（こんりゅう）し、社僧（しゃそう）20人をつかわしてその任に当たらせました。

建武（けんむ）元年（1334）肥後守（ひごのかみ）菊池武重（きくちたけしげ）は社殿（しゃでん）を改築。八幡大菩薩（はちまんだいぼさつ）、若宮大神（わかみやおおかみ）、甲佐大神（こうさのおおかみ）を合祀（ごうし）し、延元（えんげん）4年（1339）には征西（せいせい）大将軍（たいしょうぐん）の懐良親王（かねよししんのう）が勅使（ちょくし）として参向（さんこう）され、参拝（さんぱい）を仰いだと記録されています。

天文（てんもん）18年（1549）宇土城（うとじょう）主の名和（なわ）伯蓍守（ほうきのくにのかみ）顕忠（あきただ）は、宝殿（ほうでん）の建立（こんりゅう）をはじめ、飛騨国（ひだのくに）より名番匠（めいばんしょう）の甚五左衛門（じんござえもん）を招いて「釘無しの門」とも称される楼門（ろうもん）を奉建（ほうけん）しました。

天正（てんしょう）16年（1589）には、キリシタン大名の小西行長（こにしゆきなが）が宇土城（うとじょう）城主となり、領内の社寺（しゃじ）を焼討（やきうち）します。本宮（ほんぐう）は、勅願社（ちょくがんしゃ）の故を以ってその神域（しんいき）を懼（おそ）れ火難（かなん）はまぬかれたものの、神領（しんりょう）や宝物（ほうもつ）は掠奪（はくだつ）され、社内（しゃない）は乱妨狼藉（らんぼうろうぜき）を極め、本地堂（ほんちどう）等を焼失し、円福寺（えんぷくじ）本尊は山中に隠され、木原不動（きはらふどう）奥（おく）の院（いん）として奉安（ほうあん）されます。慶長（けいちょう）5年（1600）加藤清正（かとうきよまさ）は、本宮（ほんぐう）に於て宇土城（うとじょう）攻略の戦捷（せんしょう）祈願（きがん）をなし、その制札（せいさつ）を立て、乱妨（らんぼう）を禁じ、神領（しんりょう）を寄進（きしん）し社殿（しゃでん）を改修（かいしゅう）しました。

細川（ほそかわ）歴代（れきだい）藩主（はんしゅ）の尊崇（そんすう）も厚く、今も尚、奉納（ほうのう）の絵馬（えま）や安泰（あんたい）祈願（きがん）大灯籠（だいとうろう）が現存し、一般庶民の信仰は肥後国（ひごのくに）内はもとより、鎭西（ちんぜい）（九州）一円に亘（わた）り、除災招福（じょさいしょうふく）、心願成就（しんがんじょうじゅ）を祈念（きねん）する人々の、心のよりどころとして、神威（しんい）益々広大に崇敬（すうけい）を集め今日に至っております。

楼門（ろうもん）は、三間一戸（さんげんいっこ）の入母屋造（いりもやづく）りの二階建で、屋根は一重で萱葺（かやぶき）。棟高（むなだか）は7.8m。腰に縁（えん）を廻らせています。その手法は巧妙を極め、複雑な軒廻（のきまわ）り、支輪（しりん）の曲線、組入天井（くみいりてんじょう）、二重の繁欄（しげらん）、逆蓮（ぎゃくれん）の勾欄（こうらん）、膜股（かえるまた）の精美（せいび）さ等、足利（あしかが）末期建築の特徴を具備（ぐび）した最も優美精妙（ゆうびせいみょう）なる建物です。中世の社寺建築（しゃじけんちく）の主流は禅宗（ぜんしゅう）様式ですが、古代の和様（わよう）を基調としている点に特徴があるとされますが、しかし、古代の社寺建築（しゃじけんちく）と比べ、木割（きわり）が小さく、繊細で華麗さを感じさせているのが特徴です。明治40年（1907）に特別保護建造物として、熊本県で最初に国指定を受け、昭和4年（1929）国費を以って修理され、現在に至っています。

現在の神殿（しんでん）は、文政（ぶんせい）6年（1822）の改築。境内（けいだい）の摂末社（せつまっしゃ）として、社殿（しゃでん）向かって右手に三社。左手に二社。鳥居（とりい）前に一社鎮座（ちんざ）しています。

社殿（しゃでん）の向かって右に、子授け安産、母性の守り神として安徳天皇（あんとくてんのう）の生母である建札門院（けんれいもんいん）徳子（とくし）を祀（まつ）る宿大神社（やどかりだいじんじゃ）。雁回山（かんかいざん）側に進んで、手前から菅原道真（すがわらのみちざね）を祀（まつ）る菅原神社（すがわらじんじゃ）。奥に医療の神、疫病退散（えきびょうたいさん）・病気平癒（びょうきへいゆ）の御神徳（ごしんとく）のある八千矛神（やちほこのかみ）と少彦名大神（すくなひこなのかみ）を祀（まつ）る鉾神社が鎮座（ちんざ）しています。

社殿（しゃでん）向かって左の奥は中王宮（ちゅうおうぐう）。高倉天皇（たかくらてんのう）の御綸旨（ごりんじ）を奉（ほう）じての創建（そうけん）以来、初代から第3代までの大宮司（だいぐうじ）の平江（ひらえ）三郎為歳（さぶろうためとし）、平江（ひらえ）判官（はんがん）為宗（ためむね）、平江（ひらえ）左衛門尉（さえもんのじょう）為示（ためじ）を祀（まつ）っています。御祭神（ごさいじん）は、紀州（きしゅう）宇田森（うだもり）から当社の神職（しんしょく）となり、平氏（へいし）の一族にして平江姓（ひらえせい）の始祖（しそ）とされています。

その手前、代官宮（だいかんぐう）の御祭神（ごさいじん）の伊津野（いづの）帯刀競（たてわきくらべ）　佐藤（さとう）少監（しょうげん）信明（のぶあき）は、創建（そうけん）時に社領（しゃりょう）を附せられた地区の初代代官で、伊津野（いつの）、佐藤（さとう）姓の祖神（おやがみ）です。

鳥居（とりい）前に平重盛（たいらのしげもり）命とその父の平清盛（たいらのきよもり）を祀（まつ）る大王宮（だいおうぐう）が鎮座（ちんざ）しています。