健軍神社は、阿蘇神社(阿蘇市)、甲佐神社、郡浦神社と共に祀られる阿蘇四摂社のひとつで、熊本市内で最も古い神社です。古くは「健軍社」と称されますが、昭和以降、「健軍社」と音読されるようになりました。
阿蘇神社の神事祭祀執行の折々に、飽田国府(熊本市二本木付近)から当地を経て、阿蘇へ参詣していた肥後の国司の藤原法昌が、欽明天皇19年(558)12月13日、大雪により当地(北原)にて道が塞がれます。進退に窮り、椎の樹下に野陣を張り、天候の回復を待つのと共に、阿蘇大神を遙拝し、当地に阿蘇大神を勧請すれば、老人や病弱者、また子供、達の参詣の労を救い、いつでも参拝できるのだがと心底に祈念します。
すると、明け方前の五更(午前3時~6時)の頃に、三歳ぐらいの童子が忽然として石上に現れ、「汝阿蘇大神を尊信し二心なく厳寒積雪を厭はず此に来たりあまるに衆人遠路の労を憐れみ大神を此の地に勧請せんと願う神明何ぞ感応せさらんや宜しく此処に勧請すべし、然るに阿蘇宮は皇城鎮護の為東に向かい当社は夷賊新羅鎮退の為西に向かい健軍と号すべし汝に託す吾則阿蘇大神也」と国司に宜って去ります。驚き感じた国司は、見聞に依って、直ちに社宇を造建して、阿蘇大神の荒霊を鎮祭し、健軍社と号したと文化4年(1807)の古文書に創建譚が記されています。また、そのことから健軍神社は西の外敵から国を護るため西を向き、朝廷を守る阿蘇神社の社殿は東を向いているとされています。
石上に現れた童子の出現の石は、楼門の60m西側右傍に鎮座し、石立大神と申し伝え祀られており、一説では景行天皇御腰掛の石ともされています。また、一本の杉が産まれ出でて、その杉の下に浮紋の絹に包まれた童が降誕します。木の下にあったことから木の姓を賜り、国司に拾い上げられた時刻を「今、丑満時」と申したことから、氏を今丑と定め、養育の後、官位五位に叙せられ祝太夫と名乗り、阿蘇二十六代当主友成より、実名の一字を下して「成種」と号し、今丑家の初代宮司となります。現在、代々続いた今丑家は第62代に至っています。
また健軍神社は、承平年中肥後守保昌修宮殿とも称され、健緒組命を鎮祭すると伝えられています。健緒組命は、景行天皇(71-130)の御代、当神社より東南にある益城郡の朝来那山(現在の朝来山)の賊を誅め給いたる命にして御功も有ったことから祀ったとされています。健緒組命は、阿蘇大神五世の孫とも、叔父に当るともされています。
境内の西、熊本市電(神水1丁目)の大鳥居から続く10町40間(1230m)の参道は、八丁馬場と呼ばれ、元々この参道は加藤清正が馬の調練路として造り、後に奉納したものです。その当時、植樹された樹齢400年の杉並木、並木の一部が残っています。江戸時代の明和年間(1764-1772)には300本もあったとされています。
平成12年(2000)に建立された楼門は、高さ13.5mで横15.7m。楼門の前の鳥居は、楼門が良く見えるようにとのことで低く抑えられています。
尚、明治10年(1877)2月22日、西南戦争で、薩軍を救援するため結成された熊本隊の挙兵の地でもあります。
拝殿は昭和59年(1984)の建立です。昭和35年(1960)の建立の本殿は流造です。
社殿の向かって左手には末社が並びます。手前から、雨宮神社。そして五社並んで、美和神社、国造神社、日吉神社、天社神社、矢城神社が鎮座します。
雨宮神社の御祭神は、雨宮大神で、例祭は9月29日です。寛和年中(985-987)に大早魃に見舞われた際、健軍村(熊本市中央区神水)に三つの島があり、その中の松島の川中に雨の気配を感じれば水中より浮き出てまた晴れならば水中に沈む、形も色も尋常ではないひとつの霊石がありました。その霊石を祀れば雨が降るとの神託により雨宮大神として鎮祭し、不浄を禁止し、神水と称しました。いつとなくに神水が神水と変わり村名になったとされています。その後 健軍神社境内に遷座し、慶長年中(1596-1615)の早魃の時には、加藤清正が自ら素足にて詣し、「我が国に 雨の宮とも あがめしを みかきの内の 草かるるとは」と祈雨歌を詠み、神前に奉り給ると降雨があったと伝えられています。
美和神社の御祭神は、大物主大神・三穂津姫命・事代主命・猿田彦大神で、例祭は3月15日です。景行天皇(71-130)の御代、大和国にて水疱瘡が流行したことからも病気平癒の神として大物主大神を祀ります。同様に水疱瘡が流行した肥後国でも祀られるようになったとされ、病気平癒祈願をするとき、美和神社の大前に疱瘡だご(疱瘡に似ただんごのこと)をお供えし、美和神社前に祀られている疱瘡に似た疱瘡石を撫でて祈願していました。
「こくぞうさん」との愛称で親しまれている国造神社の御祭神は、速瓶玉命。由緒の詳細は不明ですが、健軍神社の約300メートルの南に創建された神社です。熊本市電建設の時に、遷座されました。
山王さんとの通称で親しまれている日吉神社の御祭神は、大山咩命と若山咩命で、例祭は11月15日。火の神として、火除けの宮として崇敬され、健軍神社の入口より南西方面約100メートルの処に創建された神社です。昭和45年(1970)に現在地に遷座されました。
お不動さん、おぶとさんとの愛称で親しまれている天社神社の御祭神は、天社大神で、例祭は3月21日。昔は子供相撲が奉納されていました。
天社神社は、健軍神社東北約300メートルの高台に創建された神社で、昭和54年(1979)に現在地に遷座されました。
矢城神社の御祭神は、矢城山の山神・稲荷大明神・青龍龍神です。
手水舎の奥には、戦没者慰霊塔が鎮斎されています。