人吉市（ひとよしし）の中心部から南寄りの東間上町（ひがしあいだかみまち）南端に位置する岩屋熊野坐神社（いわやくまのざじんじゃ）は、人吉（ひとよし）に下向（げこう）された相良氏（さがらし）の初代当主の相良長頼（さがらながより）が、寛喜（かんき）年中（ねんちゅう）（1229-1232）御守神（おんまもりがみ）である熊野三所権現（くまのさんしょごんげん）を勧請（かんじょう）したのが創建（そうけん）です。勧請（かんじょう）の社地（しゃち）を選定して居られた時、蓑野（みのの）の山際（やまぎわ）に計ることの出来ない霊地（れいち）があって、山そびえ、周囲は崖で岩穴があり、その麓（ふもと）に修験道（しゅげんどう）の聖（ひじり）が一人住んでいて、鎮座地（ちんざち）にふさわしい霊所（れいしょ）であると里人が申し上げたために、相良長頼（さがらながより）はご覧になり此の地に熊野三所権現（くまのさんしょごんげん）を勧請（かんじょう）したのが、岩屋権現（いわやごんげん）（現岩屋熊野座神社（いわやくまのざじんじゃ））と伝えられています。

享保（きょうほ）12年（1727）に造営（ぞうえい）された当時の棟札（むねふだ）に「古（いにしえ）より岩穴があって水多く、奥の広さは計ることが出来ないとされ、その水は下篠（しもしの）トドロに通じているとされています。俗に大蛇（だいじゃ）が住んでいると伝えられ、夜が更けてくると法螺貝（ほらがい）を吹く音が聞こえる不思議の霊所（れいしょ）です。」と書かれています。境内（けいだい）は標高140mで、山間の谷間を利用し、西側の参道（さんどう）を除く三方は山の斜面となっています。東西に延びる参道（さんどう）の西端に鳥居（とりい）を構え、石段を登ると境内（けいだい）に至ります。建物は西面して建ち、背面の東側には勧請（かんじょう）の由来となった洞窟（どうくつ）があります。

延徳（えんとく）年中（ねんちゅう）（1489-1491）に社殿（しゃでん）を造替（ぞうたい）。天正（てんしょう）年中（ねんちゅう）（1573-1592）に社殿（しゃでん）を修造（しゅうぞう）。享保（きょうほう）12年（1727）に現在の社殿（しゃでん）が造営（ぞうえい）されました。明治元年（1868）に岩屋権現（いわやごんげん）から、岩屋熊野座神社（いわやくまのざじんじゃ）と改称されました。相殿（あいどの）は、明治9年（1876）にを教部省（きょうぶしょう）の通達により北西約一町に鎮座（ちんざ）していた八幡宮（はちまんぐう）を合祀（ごうし）したもので、解体修理の際、「役行者堂（えんのぎょうじゃどう）」として設置されたことがわかっています。明治12年（1879）10月14日に村社（そんしゃ）に列格（れっかく）。平成14年（2002）12月26日に、中央殿（ちゅうおうでん）、左殿（さでん）、右殿（うでん）、拝殿（はいでん）、覆屋（おおいや）、鳥居（とりい）が国指定重要文化財に指定されました。旧扁額（へんがく）、相殿（あいどの）二棟（ふたむね）（左殿（さでん）・右殿（うでん））、棟札（むねふだ）が附（つけたり）の指定を受けています。

国指定重要文化財の指定を受けている凝灰岩（ぎょうかいがん）製の石鳥居（いしとりい）は、参道（さんどう）（約200m）の入口に立ち、元禄（げんろく）14年（1701）に寄進（きしん）されたもので、南柱（みなみばしら）に「奉寄進岩屋講衆中」、北柱（きたばしら）に「元禄十四年辛巳年三月吉日」と刻銘（こくめい）があります。稚児柱（ちごばしら）がついた両部鳥居（りょうぶとりい）形式（権現鳥居（ごんげんとりい）・四脚鳥居（よつあしとりい））では球磨（くま）地方唯一のもので、在銘鳥居（ざいめいとりい）としても最古のものです。鳥居（とりい）は正確に西を向いており、春分（しゅんぶん）・秋分（しゅうぶん）には鳥居（とりい）の中央から太陽が昇り、鳥居（とりい）の中央から太陽の沈むのを見ることが出来ます。参道（さんどう）が200m以上もあるのは、周囲の山から離れる事で、太陽をよく拝むことが出来るように設計されたものと思われています。

本殿（ほんでん）の三棟（さんむね）は、いずれも一間社（いっけんしゃ）流見世棚造（ながれみせだなづくり）の小型の社殿（しゃでん）で、覆屋（おおいや）内部に並んでいます。中央殿（ちゅうおうでん）と左殿（さでん）は、構造手法や様式から見て天正（てんしょう）年間の建立（こんりゅう）と推定され、右殿（うでん）は拝殿（はいでん）や覆屋（おおいや）などとともにを享保（きょうほう）12年（1727）の建立（こんりゅう）と考えられています。の三棟（さんむね）の本殿（ほんでん）を覆屋（おおいや）内に収め、これを中心に社殿（しゃでん）がまとめた独特の構成で、本殿（ほんでん）の細部には地方の特色が強く表れており、九州地方における中世に遡る神社本殿（ほんでん）の意匠・技法を知る上で貴重とされています。

平成23年（2011）に大修理を経て、を享保（きょうほう）12年（1727年）当時の社殿（しゃでん）の姿、茅葺（かやぶ）き屋根の姿に戻っています。