鎌倉時代の文永（ぶんえい）11年（1274）、並びに弘安（こうあん）4年（1281）の二度に亘（わた）る「元寇」の折、本渡城主（ほんどじょうしゅ）・天草大夫大蔵太子（あまくさだゆうおおくらふとこ）という女傑が、水軍を率いて出陣します。諏訪大明神（すわだいみょうじん）の御加護（ごかご）により、我が国未曾有の国難（こくなん）を神風（かみかぜ）をもって守護（まも）りたまい、輝かしい戦功をたてさせたまいし神恩（しんおん）に感謝し、2年後の弘安（こうあん）6年（1283）8月1日、天草氏（あまくさし）領土内の総鎮守（そうちんじゅ）として、信州諏訪（しんしゅうすわ）の御本社（ごほんしゃ）より諏訪大明神（すわだいみょうじん）の御分霊（ごぶんれい）を奉（ほう）じて、本砥郷山口（ほんどごうやまぐち）の里に鎮祭（ちんさい）したのが、創始（そうし）です。その道中（どうちゅう）では「御諏訪太鼓（おすわだいこ）」を奏（かな）でつつ御神幸（ごしんこう）されたとされ、天草市（あまくさし）本渡町（ほんどまちやま）山口（やまぐち）の浜に上陸した際にも盛大に太鼓が奏（そう）されたとされています。昭和49年（1974）に太鼓は「天草太鼓（あまくさだいこ）」として復活されています。

爾来（じらい）、天草氏（あまくさし）の氏神（うじがみ）、郷中（ごじゅう）の総社（そうじゃ）として広く崇敬（すうけい）されましたが、寛永（かんえい）14年の「天草・島原（あまくさ・しまばら）の乱」で他の社寺（しゃじ）と共に一揆勢の手による兵火にかかり、ことごとくの社殿神宝旧記（しゃでんしんぽうきゅうき）を焼失しました。乱の後、天草（あまくさ）は天領（てんりょう）となり、初代代官（しょだいだいかん）・鈴木重成（すずきしげなり）公（こう）が着任し、神社仏閣（じんじゃぶっかく）の復旧につとめ、人心の安定をはかりました。特に当神社の再建を急がせ、海岸浜宮（かいがんはまみや）の地に新社殿（しゃでん）を造営します。「天草・島原（あまくさ・しまばら）の乱」から6年後の寛永（かんえい）20年（1643）、これまでの本砥郷山口（ほんどごうやまぐち）の里より御遷座（ごせんざ）になりました。

弘安（こうあん）6年（1283）から寛永（かんえい）20年（1643）までの360年間、第1次鎮座地（ちんざち）であった天草市（あまくさし）本渡町（ほんどまちやま）山口（やまぐち）には、「諏訪神社旧趾（すわじんじゃきゅうし）」の記念碑があり、御鎮座（ごちんざ）の由緒（ゆいしょ）を伝えています。現在は、付近に「献穀神饌田（けんこくしんせんでん）」が復興され、神事（しんじ）を厳修（げんしゅう）して営（いとな）まれています。

第2次鎮座地（ちんざち）、現在の天草市（あまくさし）中央新町（ちゅうおうしんまち）銀天街（ぎんてん）アーケード中心地には、寛永（かんえい）20年（1643）から大正4年（1915）までの272年間鎮座していました。この時、初代代官（しょだいだいかん）・鈴木重成（すずきしげなり）公（こう）は荒廃した島の耕作の便宜をはかり、当神社の例大祭（れいたいさい）（8月1日）に七日間の「農具市（のうぐいち）」を開かせます。当時、島内には商店は少なく、この農具市（のうぐいち）が次第に「雑貨市（ざっかいち）」に広がり、島民は農具だけでなく、一年間の生活必需品の一切を買い求める「本渡市（ほんどいち）」に年々発展します。社頭門前（しゃとうもんぜん）を中心に、南から小松原（こまつばら）までの通りに露店や見世物小屋が立ち並び「……いちをたのものおりふしは、もろつくにびとつどひきぬ」と高浜（たかはま）地区の庄屋（しょうや）で学者の上田宣珍（うえだよしうず）（1755-1829）が「天草（あまくさ）島めぐり長歌」で称えたように、幕末の頃にはすでに「九州三大市（きゅうしゅうさんだいいち）」のひとつとされるほどになりました。

明治32年（1899）に悪疫（あくえき）流行のため例大祭（れいたいさい）と「本渡市（ほんどいち）」は、11月1日に変更され、今に至っています。現今の例大祭（れいたいさい）「本渡市（ほんどいち）」は様相は変わったとはいえ、2日間にわたる神幸行列（しんこぎょうれつ）と伝統神事（しんじ）を厳修（げんしゅう）して、境内外には奉納（ほうのう）菊花展、植木市、露天市が立ち並び、奉賛（ほうさん）行事として全天草（あまくさ）の各種スポーツ大会、文化諸行事が網羅開催され、天草（あまくさ）最大の賑わいを呈しております。

明治初期に、天草五郷社（あまくさごごうしゃ）のひとつとして郷社（ごうしゃ）に列格（れっかく）。大正4年（1915）に旧庄屋（しょうや）大谷家（おおたにけ）の屋敷跡であった当地に御遷座（ごちんざ）し、大正6年（1917）に町山口諏訪神社（まちやまぐちすわじんじゃ）から本渡諏訪神社（ほんどすわじんじゃ）に社名が変更されました。昭和3年（1928）、神幸祭（しんこうさい）復活。昭和20年8月1日には、天草（あまくさ）の代表神社・総鎮守（そうちんじゅ）として「県社（けんしゃ）」に昇格しました。

入母屋造銅板葺（いりもやづくりどうばんぶき）の拝殿（はいでん）は、平成2年（1990）11月に、今上陛下（きんじょうへいか）御即位大典（ごそくいたいてん）、並びに皇紀（こうき）2650年を記念奉祝（ほうしゅく）して改修されたものです。本殿（ほんでん）は文久（ぶんきゅう）3年（1863）に建立（こんりゅう）されたもので入母屋造（いりもやづくり）です。

社殿（しゃでん）前の御神木（ごしんぼく）である大蘇鉄（おおそてつ）は、樹齢約300年程。大正4年（1915）に現在地へ御遷座（ごせんざ）したのを記念し、翌大正5年（1916）に氏子（うじこ）の森邦太郎（もりくにたろう）・鶴田八十八（つるたやそはち）の両氏が奉納（ほうのう）したもので天草市（あまくさし）の天然記念物となっています。また、大蘇鉄（おおそてつ）には全国的に見ても珍しく蘭が自生しており、五月の前半には花が咲き誇り、参拝される方の目を楽しませています。

境内には裏参道（うらさんどう）も含め七基三対（ななきさんつい）の獅子狛犬（ししこまいぬ）が威儀（いぎ）を正しています。中でも、社殿（しゃでん）前参道（さんどう）に並ぶ「子抱き獅子（こだきじし）」は、全国的にも珍しく、子授け、安産、育児、家内安全の象徴として信仰されて、親しまれています。

事代主大神（ことしろぬしのおおかみ）を祀（まつ）る恵比寿神社（えびすじんじゃ）は、江戸時代のいつの頃よりか本渡諏訪神社（ほんどすわじんじゃ）の第2次鎮座地（ちんざち）に境内社（けいだいしゃ）として奉斎（ほうさい）され、諏訪大明神（すわだいみょうじん）とともに「本渡市（ほんどいち）」繁栄の基を開いたお社（おやしろ）です。昭和39年（1964）春に現在の地に遷られ、平成6年（1994）10月に、本渡町中央商店街大火災復興30周年、市制発足40周年を記念し氏子（うじこ）崇敬（すうけい）者の赤誠（せきせい）を結集して新社殿（しゃでん）が建立（こんりゅう）されました。夏秋のゑびす祭は盛大で、商売繁盛・家内安全の守護神（しゅごしん）として篤（あつ）く尊崇（そんすう）の念を集めています。

御霊神社（みたまじんじゃ）は、氏子（うじこ）戦没英霊（せんぼつえいれい）を合祀（ごうし）したもので、昭和24年（1949）10月18日、靖國神社（やすくにじんじゃ）秋季（しゅうき）例大祭（れいたいさい）の当日に建立（こんりゅう）創始（そうし）されました。平成8年（1996）年12月に創祀（そうし）された氏子（うじこ）祖霊社（それいしゃ）も社内に奉斎（ほうさい）されています。

御霊神社（みたまじんじゃ）から奥に進むと石祠（いしほこら）が並び、それぞれ天照皇大神（あまてらすすめおおかみ）と豊受大神（とようけおおかみ）、八大龍王（はちだいりゅうおう）（金毘羅大神（ことひらのおおかみ）・志賀大神（しがのおおかみ））、猿田彦大神（さるたひこのおおかみ）、淡島大明神（あわしまだいみょうじん）（大巳貴大神（おおなむちのおおかみ）・少彦名大神（すくなひこのおおかみ））が祀（まつ）られています。

その奥には、本渡町遺族会（ほんどまちいぞくかい）による終戦40周年記念事業として建立（こんりゅう）された靖國之碑（やすくにのひ）が建てられています。主碑（しゅひ）「靖國之碑（やすくにのひ）」の揮毫（きごう）は靖國神社（やすくにじんじゃ）第6代宮司（ぐうじ）・松平永芳（まつだいらながよし）氏によるものです。左右の副碑（ふくひ）には、本渡町（ほんどちょう）出身の戦没英霊（せんぼつえいれい）302柱の芳名（ほうめい）と、遺族会役員名が記されています。例祭日（れいさいび）は8月15日。建立（こんりゅう）時の本渡諏訪神社（ほんどすわじんじゃ）の宮司（ぐうじ）であった大野俊康（おおのとしやす）氏は、平成4年（1992）4月には靖國神社（やすくにじんじゃ）第7代宮司（ぐうじ）に就任し、靖國神社（やすくにじんじゃ）の鎮魂社（ちんこんしゃ）の公開に寄与したことでも知られています。

神池（かみいけ）の前の十五社神社（じゅうごしゃじんじゃ）は、天照皇大神（あまてらすすめおおかみ）、八幡大神（やはたのおおかみ）、春日大神（かすがのおおかみ）、阿蘇十二神（あそじゅうにしん）の十五柱（じゅうごはしら）の御祭神（ごさいじん）を祀（まつ）っていることから十五社神社（じゅうごしゃじんじゃ）と称されています。全国でも熊本県にのみにしか存せず、県内でも、特に天草（あまくさ）地方には、数多く祀（まつ）られ、天草（あまくさ）地方の全神社の三分の一近くのお社（おやしろ）が十五社神社（じゅうごしゃじんじゃ）です。本渡諏訪神社（ほんどすわじんじゃ）の十五社神社（じゅうごしゃじんじゃ）は、古くより耳病治癒神（じびょうちゆのかみ）の信仰があります。