社伝によれば、神在神社（かみありじんじゃ）は、第28代宣化天皇（せんかてんのう）2年（537）松浦佐用姫（まつらさよひめ）との悲恋でも知られる大伴連狭手彦（おおとものさでひこ）が征新羅将軍（せいしらぎしょうぐん）に任ぜられ、新羅遠征（しらぎえんせい）と任那（みまな）・百済（くだら）救援の成功と渡海の安全を為すため、都（みやこ）（檜隈廬入野宮（ひのくまのいおりののみや））から七柱神（ななはしらのかみ）（国之常立神（くにのとこたちのかみ）・伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・伊弉冊尊（いざなみのみこと）・瓊々杵尊（ににぎのみこと）・彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）・保食命（うけもちのみこと）・大己貴命（おおなむちのみこと））を勧請（かんじょう）し、当地に神社を建立したのが創始とされています。

当初は牧（まき）の天神山（てんじんやま）に鎮座（ちんざ）し、勝れた神徳（しんとく）に人々が集まり村ができ、盛んに信仰されました。

伝承によれば鎮座地（ちんざち）の「神在（かみあり）」の名称は、神功皇后（じんぐうこうごう）が三韓征伐（さんかんせいばつ）の時に当地を通った時、紫雲（しうん）の棚引けるをご覧になって「彼処（あそこ）には神在（かみあ）るべし」と仰せられたことから起ったとも伝えられています。

戦国時代となり激しい戦乱の中、祭りは途絶え、社殿（しゃでん）は荒廃し、神社の古い謂われを知る人も僅かになります。戦乱が終わり、平和な世の中になった寛文（かんぶん）4年（1664）識者と村の有力者が、今の宮所（みやどころ）である神在（かみあり）に小社（しょうしゃ）を建立。宝永（ほうえい）4年（1707）古屋敷（ふるやしき）（かみあり保育園の周辺）にあった社殿（しゃでん）などを再建し、相殿左座（あいどのさざ）に菅原神（すがわらのかみ）相殿右座（あいどのうざ）に天常立尊（あめのとこたちのみこと）、国常立尊（くにのとこたちのみこと）、伊弉諾尊（いざなぎのみこと）、伊弉冊尊（いざなみのみこと）、瓊々杵尊（ににぎのみこと）、彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）を六柱天神（ろくはしらてんじん）（牧所天神（まきしょてんじん））を祀りました。また野崎（のざき）の天神山（てんじんやま）に祀られていた、埴安命（はにやすのみこと）も合祀（ごうし）して現在の神在神社（かみありじんじゃ）の姿になりました。明治5年（1872）11月3日村社（そんしゃ）に列格。また、再発見された神石（かみいし）が、平成28年（2016）11月より聖地として整備されています。

現在の御祭神（ごさいじん）は下記になります。

• 天常立尊（あめのとこたちのみこと）：天を守る神、陸・海交通守護、特に航海安全、縁結び。御祭神（ごさいじん）となった時期は不詳。
• 国常立尊（くにのとこたちのみこと）：地を守る神、縁談成就、子授け、安産などもろもろの願い事。
• 伊弉諾尊（いざなぎのみこと）：国土の基礎を築いた神、国家安泰、子孫繁栄、五穀豊穣。
• 伊弉冊尊（いざなみのみこと）：国土の基礎を築いた神、家内安全などの願いごと。御祭神（ごさいじん）となった時期は不詳。
• 瓊々杵尊（ににぎのみこと）：五穀豊穣、大漁、交通安全の神。
• 彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）：五穀豊穣、豊漁、雨乞い、一家繁栄の神。
• 菅原神（すがわらのかみ）：文章博士（もんじょうはくし）であったので学問の神様として敬う。学問全般にわたり御利益あり。御祭神（ごさいじん）となった時期は不詳。
• ※ 保食命（うけもちのみこと）：宣化天皇（せんかてんのう）2年（537）の勧請（かんじょう）の後、現在も合祀（ごうし）されているのかも含め、仔細は不詳。
• ※ 大己貴命（おおなむちのみこと）：宣化天皇（せんかてんのう）2年（537）の勧請（かんじょう）の後、現在も合祀（ごうし）されているのかも含め、仔細は不詳。

尚、昭和20年刊行の『福岡県神社誌』では、御祭神（ごさいじん）は彦火々出見命（ひこほほでみのみこと）、埴安命（はにやすのみこと）、菅原神（すがわらのかみ）。大宝3年（703）1月、古屋敷（ふるやしき）に社宇（しゃう）を創立。元禄（げんろく）13年（1700）、または元禄（げんろく）16年（1703）現在の鎮座地（ちんざち）の地である宇野崎（あざのざき）に遷座（せんざ）と記しています。

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【境内社（けいだいしゃ）など】

「神石（かみいし）」

社殿（しゃでん）向かって左手の道路から南へ260m程の地に祀られる外周16m、高さ約4mの卵型の巨石です。神功皇后（じんぐうこうごう）が三韓征伐（さんかんせいばつ）の時に当地を通った時、紫雲（しうん）の棚引けるをご覧になって「彼処（あそこ）には神在（かみあ）るべし」と仰せられた地と伝えられています。平成28年（2016）神在神社（かみありじんじゃ）の総代が、竹藪に埋もれた巨石を再発見。同年11月に注連縄（しめなわ）を張り、聖地として整備されました。

「埴安命（はにやすのみこと）」

野崎（のざき）の天神山（てんじんやま）から遷座（せんざ）して祀られています。埴安命（はにやすのみこと）は、大火傷を負った伊耶那美命（いざなみのみこと）が、死の間際に吐瀉（としゃ）した大便から産まれた神です。土を豊かにする土の神、土壌の神、肥料の神、農業神として信仰され、陶器や造園など、土一般に関する神とされています。当社では、土地の神様、地鎮祭（ちんさい）の神様とされています。小社（しょうしゃ）の中に「足形石（あしがたいし）」も祀られています。

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【神事（しんじ）・祭事（さいじ）】

千燈籠（せんとうろう）

秋の収穫を祈念する祭典で、参道に約200体の燈籠が並べられます。夜になるとロウソクの灯で境内が幻想的な雰囲気になります。祭典を盛り上げるため「竹馬競技会」など、日本の代表的な遊びを取り入れたイベントを開催します。また、燈籠の和紙部分を地域の皆様に製作いただき、審査表彰する「燈籠製作コンテスト」も併せて開催します。毎年、約半数近くが、このコンテストにより、絵柄が新しくなります。小学生から、80歳代の高齢者まで幅広い皆様が出展されるなど、地域の方々が開催を楽しみにされています。